diff options
| author | pjotrp | 2026-04-17 09:21:04 +0200 |
|---|---|---|
| committer | pjotrp | 2026-04-17 09:21:04 +0200 |
| commit | 3ce355e777bea6a72f055716ece9b9d57afb0a5f (patch) | |
| tree | edfc53831779052b54cfd487a1553278dde4182a | |
| parent | 034763cf8a82818259b68bd46bf57e3144488816 (diff) | |
| download | guix-bioinformatics-3ce355e777bea6a72f055716ece9b9d57afb0a5f.tar.gz | |
● All part1.md tutorial steps reproduce successfully:
┌──────────────────┬────────────────────────────────────┬───────────────────────────────────────────────────┐ │ Section │ Steps │ Result │ ├──────────────────┼────────────────────────────────────┼───────────────────────────────────────────────────┤ │ vg construct │ vg construct -r tiny.fa -m 4 │ OK - creates graph │ ├──────────────────┼────────────────────────────────────┼───────────────────────────────────────────────────┤ │ vg view + dot │ vg view -d ... | dot -T pdf │ OK - generates PDF │ ├──────────────────┼────────────────────────────────────┼───────────────────────────────────────────────────┤ │ vg construct VCF │ vg construct -r ... -v tiny.vcf.gz │ OK │ ├──────────────────┼────────────────────────────────────┼───────────────────────────────────────────────────┤ │ vg view paths │ vg view -dp / vg view -dpS │ OK │ ├──────────────────┼────────────────────────────────────┼───────────────────────────────────────────────────┤ │ vg view GFA │ vg view + sed fix │ OK - GFA output correct │ ├──────────────────┼────────────────────────────────────┼───────────────────────────────────────────────────┤ │ zgrep VCF │ zgrep '^##' -v | column -t │ OK │ ├──────────────────┼────────────────────────────────────┼───────────────────────────────────────────────────┤ │ pggb DRB1-3123 │ pggb -i ... -n 12 -t 16 │ OK - graph: 21920bp, 4854 nodes, 12 paths │ ├──────────────────┼────────────────────────────────────┼───────────────────────────────────────────────────┤ │ odgi stats │ odgi stats -S │ OK │ ├──────────────────┼────────────────────────────────────┼───────────────────────────────────────────────────┤ │ pggb -p 95 │ underaligned graph │ OK - 55853bp, 62 nodes (confirms tutorial answer) │ └──────────────────┴────────────────────────────────────┴───────────────────────────────────────────────────┘ Two packages added to mempang-workshop: graphviz (for dot) and gzip (for zgrep).
| -rw-r--r-- | gn/packages/pangenome.scm | 3 |
1 files changed, 3 insertions, 0 deletions
diff --git a/gn/packages/pangenome.scm b/gn/packages/pangenome.scm index 5150ed9..87a1c07 100644 --- a/gn/packages/pangenome.scm +++ b/gn/packages/pangenome.scm @@ -42,6 +42,7 @@ #:use-module (gnu packages curl) #:use-module (gnu packages documentation) #:use-module (gnu packages elf) + #:use-module (gnu packages graphviz) #:use-module (gnu packages gtk) #:use-module (gnu packages haskell-xyz) #:use-module (gnu packages java) @@ -1534,6 +1535,8 @@ kfilt, miniprot, pangene, wally, and vcfbub.") bcftools fastix gnuplot + graphviz + gzip multiqc mummer pafplot |