diff options
| author | Pjotr Prins | 2023-08-20 11:46:39 +0200 |
|---|---|---|
| committer | Pjotr Prins | 2023-08-20 11:46:39 +0200 |
| commit | 3034f4d87c25a181278533acec3199dba62b8185 (patch) | |
| tree | 4a462a39e904a92342bc6e3ac5fece7647b6c256 /api | |
| parent | 21c08038536397c0f4694510e13cb8801e372514 (diff) | |
| download | gn-docs-3034f4d87c25a181278533acec3199dba62b8185.tar.gz | |
SPARQL: fixes
Diffstat (limited to 'api')
| -rw-r--r-- | api/sparql-endpoint.md | 18 |
1 files changed, 17 insertions, 1 deletions
diff --git a/api/sparql-endpoint.md b/api/sparql-endpoint.md index b022a08..6b92436 100644 --- a/api/sparql-endpoint.md +++ b/api/sparql-endpoint.md @@ -24,7 +24,7 @@ SPARQL examples are: ?s ?p ?o . } -[try me] (https://sparql.genenetwork.org/sparql?default-graph-uri=&qtxt=%20%20%20%20%20%20%20%20PREFIX%20gn%3A%20%3Chttp%3A%2F%2Fgenenetwork.org%2Fid%2F%3E%0A%20%20%20%20%20%20%20%20PREFIX%20gnc%3A%20%3Chttp%3A%2F%2Fgenenetwork.org%2Fcategory%2F%3E%0A%20%20%20%20%20%20%20%20PREFIX%20owl%3A%20%3Chttp%3A%2F%2Fwww.w3.org%2F2002%2F07%2Fowl%23%3E%0A%20%20%20%20%20%20%20%20PREFIX%20gnt%3A%20%3Chttp%3A%2F%2Fgenenetwork.org%2Fterm%2F%3E%0A%20%20%20%20%20%20%20%20PREFIX%20skos%3A%20%3Chttp%3A%2F%2Fwww.w3.org%2F2004%2F02%2Fskos%2Fcore%23%3E%0A%20%20%20%20%20%20%20%20PREFIX%20rdf%3A%20%3Chttp%3A%2F%2Fwww.w3.org%2F1999%2F02%2F22-rdf-syntax-ns%23%3E%0A%20%20%20%20%20%20%20%20PREFIX%20rdfs%3A%20%3Chttp%3A%2F%2Fwww.w3.org%2F2000%2F01%2Frdf-schema%23%3E%0A%20%20%20%20%20%20%20%20PREFIX%20taxon%3A%20%3Chttp%3A%2F%2Fpurl.uniprot.org%2Ftaxonomy%2F%3E%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20SELECT%20DISTINCT%20*%20WHERE%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%3Fs%20rdf%3Atype%20gnc%3Aspecies%20.%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%3Fs%20%3Fp%20%3Fo%20.%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%7D%0A%0A&format=text%2Fhtml&timeout=0&signal_void=on) +[try](https://sparql.genenetwork.org/sparql?default-graph-uri=&qtxt=%20%20%20%20%20%20%20%20PREFIX%20gn%3A%20%3Chttp%3A%2F%2Fgenenetwork.org%2Fid%2F%3E%0A%20%20%20%20%20%20%20%20PREFIX%20gnc%3A%20%3Chttp%3A%2F%2Fgenenetwork.org%2Fcategory%2F%3E%0A%20%20%20%20%20%20%20%20PREFIX%20owl%3A%20%3Chttp%3A%2F%2Fwww.w3.org%2F2002%2F07%2Fowl%23%3E%0A%20%20%20%20%20%20%20%20PREFIX%20gnt%3A%20%3Chttp%3A%2F%2Fgenenetwork.org%2Fterm%2F%3E%0A%20%20%20%20%20%20%20%20PREFIX%20skos%3A%20%3Chttp%3A%2F%2Fwww.w3.org%2F2004%2F02%2Fskos%2Fcore%23%3E%0A%20%20%20%20%20%20%20%20PREFIX%20rdf%3A%20%3Chttp%3A%2F%2Fwww.w3.org%2F1999%2F02%2F22-rdf-syntax-ns%23%3E%0A%20%20%20%20%20%20%20%20PREFIX%20rdfs%3A%20%3Chttp%3A%2F%2Fwww.w3.org%2F2000%2F01%2Frdf-schema%23%3E%0A%20%20%20%20%20%20%20%20PREFIX%20taxon%3A%20%3Chttp%3A%2F%2Fpurl.uniprot.org%2Ftaxonomy%2F%3E%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20SELECT%20DISTINCT%20*%20WHERE%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%3Fs%20rdf%3Atype%20gnc%3Aspecies%20.%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%3Fs%20%3Fp%20%3Fo%20.%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%7D%0A%0A&format=text%2Fhtml&timeout=0&signal_void=on) ## Get 'group' or population info @@ -147,7 +147,21 @@ And count them! ``` - info_pheno("BXD", "10038") - Get summary information for a phenotype +The following works if you change the gnt prefix to terms. This is bug. + ```sparql + + PREFIX gn: <http://genenetwork.org/id/> + PREFIX gnc: <http://genenetwork.org/category/> + PREFIX owl: <http://www.w3.org/2002/07/owl#> + PREFIX gnt: <http://genenetwork.org/term/> + PREFIX skos: <http://www.w3.org/2004/02/skos/core#> + PREFIX rdf: <http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#> + PREFIX rdfs: <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#> + PREFIX taxon: <http://purl.uniprot.org/taxonomy/> + PREFIX fabio: <http://purl.org/spar/fabio/> + PREFIX dct: <http://purl.org/dc/terms/> + SELECT DISTINCT * WHERE { ?s rdf:type gnc:phenotype . ?inbredSet skos:altLabel "BXD" . @@ -160,6 +174,8 @@ And count them! ?pub ?pubTerms ?pubResult . } } + + ``` > - get_pheno("BXD", "10646") - Get phenotype values for a classical trait. |