diff options
author | Pjotr Prins | 2023-08-20 10:45:50 +0200 |
---|---|---|
committer | Pjotr Prins | 2023-08-20 10:45:50 +0200 |
commit | a7cbd689f344c4a3afd0903d09cdfb82bccd4c96 (patch) | |
tree | eeb495411c41d5b226805390695dfcc0ae34fd1d /api | |
parent | e44caf82bed31af38f8a2c0b45e7134aefa742a8 (diff) | |
download | gn-docs-a7cbd689f344c4a3afd0903d09cdfb82bccd4c96.tar.gz |
SPARQL: adding examples and links
Diffstat (limited to 'api')
-rw-r--r-- | api/sparql-endpoint.md | 137 |
1 files changed, 75 insertions, 62 deletions
diff --git a/api/sparql-endpoint.md b/api/sparql-endpoint.md index e1447a5..d0f1fdb 100644 --- a/api/sparql-endpoint.md +++ b/api/sparql-endpoint.md @@ -1,3 +1,13 @@ +# GENENETWORK SPARQL endpoint + +SPARQL is the query language for our RDF database. This endpoint can export HTML, JSON and TSV(!) + +Note that we created a reflective REST API that executes similar queries. See the [REST API](GN-REST-API-v2.md). + +SPARQL examples are: + +## Get species info + - list_species() - List available species. PREFIX gn: <http://genenetwork.org/id/> @@ -14,9 +24,13 @@ ?s ?p ?o . } +[try me] (https://sparql.genenetwork.org/sparql?default-graph-uri=&qtxt=%20%20%20%20%20%20%20%20PREFIX%20gn%3A%20%3Chttp%3A%2F%2Fgenenetwork.org%2Fid%2F%3E%0A%20%20%20%20%20%20%20%20PREFIX%20gnc%3A%20%3Chttp%3A%2F%2Fgenenetwork.org%2Fcategory%2F%3E%0A%20%20%20%20%20%20%20%20PREFIX%20owl%3A%20%3Chttp%3A%2F%2Fwww.w3.org%2F2002%2F07%2Fowl%23%3E%0A%20%20%20%20%20%20%20%20PREFIX%20gnt%3A%20%3Chttp%3A%2F%2Fgenenetwork.org%2Fterm%2F%3E%0A%20%20%20%20%20%20%20%20PREFIX%20skos%3A%20%3Chttp%3A%2F%2Fwww.w3.org%2F2004%2F02%2Fskos%2Fcore%23%3E%0A%20%20%20%20%20%20%20%20PREFIX%20rdf%3A%20%3Chttp%3A%2F%2Fwww.w3.org%2F1999%2F02%2F22-rdf-syntax-ns%23%3E%0A%20%20%20%20%20%20%20%20PREFIX%20rdfs%3A%20%3Chttp%3A%2F%2Fwww.w3.org%2F2000%2F01%2Frdf-schema%23%3E%0A%20%20%20%20%20%20%20%20PREFIX%20taxon%3A%20%3Chttp%3A%2F%2Fpurl.uniprot.org%2Ftaxonomy%2F%3E%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20SELECT%20DISTINCT%20*%20WHERE%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%3Fs%20rdf%3Atype%20gnc%3Aspecies%20.%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%3Fs%20%3Fp%20%3Fo%20.%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%7D%0A%0A&format=text%2Fhtml&timeout=0&signal_void=on) + +## Get 'group' or population info - list_groups("drosophila") - List available groups of datasets +```sparql PREFIX gn: <http://genenetwork.org/id/> PREFIX gnc: <http://genenetwork.org/category/> PREFIX owl: <http://www.w3.org/2002/07/owl#> @@ -27,96 +41,94 @@ PREFIX taxon: <http://purl.uniprot.org/taxonomy/> SELECT ?inbredSet WHERE { - ?species rdf:type gnc:species . + rdf:type gnc:species . ?species skos:altLabel "drosophila" . ?inbredSet rdf:type gnc:inbredSet . ?inbredSet gnt:belongsToSpecies ?species . } +``` +And list all 50+ sets for Mouse: + +```sql + SELECT DISTINCT * WHERE { + ?inbredSet rdf:type gnc:inbredSet ; + gnt:belongsToSpecies gn:Mus_musculus . + OPTIONAL {?inbredSet rdfs:label ?descr }. + } +``` + +[try](https://sparql.genenetwork.org/sparql?default-graph-uri=&qtxt=%20%20%20%20%20%20%20PREFIX%20gn%3A%20%3Chttp%3A%2F%2Fgenenetwork.org%2Fid%2F%3E%0A%20%20%20%20%20%20%20%20PREFIX%20gnc%3A%20%3Chttp%3A%2F%2Fgenenetwork.org%2Fcategory%2F%3E%0A%20%20%20%20%20%20%20%20PREFIX%20owl%3A%20%3Chttp%3A%2F%2Fwww.w3.org%2F2002%2F07%2Fowl%23%3E%0A%20%20%20%20%20%20%20%20PREFIX%20gnt%3A%20%3Chttp%3A%2F%2Fgenenetwork.org%2Fterm%2F%3E%0A%20%20%20%20%20%20%20%20PREFIX%20skos%3A%20%3Chttp%3A%2F%2Fwww.w3.org%2F2004%2F02%2Fskos%2Fcore%23%3E%0A%20%20%20%20%20%20%20%20PREFIX%20rdf%3A%20%3Chttp%3A%2F%2Fwww.w3.org%2F1999%2F02%2F22-rdf-syntax-ns%23%3E%0A%20%20%20%20%20%20%20%20PREFIX%20rdfs%3A%20%3Chttp%3A%2F%2Fwww.w3.org%2F2000%2F01%2Frdf-schema%23%3E%0A%20%20%20%20%20%20%20%20PREFIX%20taxon%3A%20%3Chttp%3A%2F%2Fpurl.uniprot.org%2Ftaxonomy%2F%3E%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20SELECT%20DISTINCT%20*%20WHERE%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%3FinbredSet%20rdf%3Atype%20gnc%3AinbredSet%20%3B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20gnt%3AbelongsToSpecies%20gn%3AMus_musculus%20.%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20OPTIONAL%20%7B%3FinbredSet%20rdfs%3Alabel%20%3Fdescr%20%7D.%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%7D&format=text%2Fhtml&timeout=0&signal_void=on). + +## List all datasets for a group/population: - list_datasets("BXD") - List available datasets for a given group (here, "BXD"). - PREFIX v: <http://www.w3.org/2006/vcard/ns#> - PREFIX foaf: <http://xmlns.com/foaf/0.1/> - PREFIX gdmt: <http://vocab.fairdatacollective.org/gdmt/> - PREFIX skos: <http://www.w3.org/2004/02/skos/core#> - PREFIX geoSeries: <http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=> - PREFIX gnt: <http://genenetwork.org/term/> - PREFIX gn: <http://genenetwork.org/id/> - PREFIX gnc: <http://genenetwork.org/category/> - PREFIX rdf: <http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#> - PREFIX owl: <http://www.w3.org/2002/07/owl#> - PREFIX rdfs: <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#> - PREFIX taxon: <http://purl.uniprot.org/taxonomy/> - PREFIX dct: <http://purl.org/dc/terms/> - PREFIX gdmt: <http://vocab.fairdatacollective.org/gdmt/> +``` +SELECT DISTINCT * WHERE { + ?dataset gnt:belongsToInbredSet gn:inbredSetBxd ; + rdfs:label ?descr . +} +``` + +[try](https://sparql.genenetwork.org/sparql?default-graph-uri=&qtxt=%20%20%20%20%20%20%20%20PREFIX%20gn%3A%20%3Chttp%3A%2F%2Fgenenetwork.org%2Fid%2F%3E%0A%20%20%20%20%20%20%20%20PREFIX%20gnc%3A%20%3Chttp%3A%2F%2Fgenenetwork.org%2Fcategory%2F%3E%0A%20%20%20%20%20%20%20%20PREFIX%20owl%3A%20%3Chttp%3A%2F%2Fwww.w3.org%2F2002%2F07%2Fowl%23%3E%0A%20%20%20%20%20%20%20%20PREFIX%20gnt%3A%20%3Chttp%3A%2F%2Fgenenetwork.org%2Fterm%2F%3E%0A%20%20%20%20%20%20%20%20PREFIX%20skos%3A%20%3Chttp%3A%2F%2Fwww.w3.org%2F2004%2F02%2Fskos%2Fcore%23%3E%0A%20%20%20%20%20%20%20%20PREFIX%20rdf%3A%20%3Chttp%3A%2F%2Fwww.w3.org%2F1999%2F02%2F22-rdf-syntax-ns%23%3E%0A%20%20%20%20%20%20%20%20PREFIX%20rdfs%3A%20%3Chttp%3A%2F%2Fwww.w3.org%2F2000%2F01%2Frdf-schema%23%3E%0A%20%20%20%20%20%20%20%20PREFIX%20taxon%3A%20%3Chttp%3A%2F%2Fpurl.uniprot.org%2Ftaxonomy%2F%3E%0A%0ASELECT%20DISTINCT%20*%20WHERE%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%3Fdataset%20gnt%3AbelongsToInbredSet%20gn%3AinbredSetBxd%20%3B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20rdfs%3Alabel%20%3Fdescr%20.%0A%7D&format=text%2Fhtml&timeout=0&signal_void=on) + +Pick one, e.g. http://genenetwork.org/id/Devneocortex_ilm6_2p14rinv_1111 or `gn:Devneocortex_ilm6_2p14rinv_1111` - SELECT DISTINCT ?datasetName WHERE { +``` +SELECT DISTINCT * WHERE { + gn:Devneocortex_ilm6_2p14rinv_1111 ?p ?o . +} +``` + +Will show something like: + +``` +http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#type http://genenetwork.org/category/probesetDataset +http://purl.org/dc/terms/created "2011-11-18" +http://www.w3.org/2004/02/skos/core#prefLabel "BIDMC/UTHSC Dev Neocortex P14 ILMv6.2 (Nov10)" +http://genenetwork.org/term/belongsToInbredSet http://genenetwork.org/id/inbredSetBxd +http://vocab.fairdatacollective.org/gdmt/hasCreatorAffiliation "Beth Israel Deaconess Medical Center" +``` +[try](https://sparql.genenetwork.org/sparql?default-graph-uri=&qtxt=%20%20%20%20%20%20%20%20PREFIX%20gn%3A%20%3Chttp%3A%2F%2Fgenenetwork.org%2Fid%2F%3E%0A%20%20%20%20%20%20%20%20PREFIX%20gnc%3A%20%3Chttp%3A%2F%2Fgenenetwork.org%2Fcategory%2F%3E%0A%20%20%20%20%20%20%20%20PREFIX%20owl%3A%20%3Chttp%3A%2F%2Fwww.w3.org%2F2002%2F07%2Fowl%23%3E%0A%20%20%20%20%20%20%20%20PREFIX%20gnt%3A%20%3Chttp%3A%2F%2Fgenenetwork.org%2Fterm%2F%3E%0A%20%20%20%20%20%20%20%20PREFIX%20skos%3A%20%3Chttp%3A%2F%2Fwww.w3.org%2F2004%2F02%2Fskos%2Fcore%23%3E%0A%20%20%20%20%20%20%20%20PREFIX%20rdf%3A%20%3Chttp%3A%2F%2Fwww.w3.org%2F1999%2F02%2F22-rdf-syntax-ns%23%3E%0A%20%20%20%20%20%20%20%20PREFIX%20rdfs%3A%20%3Chttp%3A%2F%2Fwww.w3.org%2F2000%2F01%2Frdf-schema%23%3E%0A%20%20%20%20%20%20%20%20PREFIX%20taxon%3A%20%3Chttp%3A%2F%2Fpurl.uniprot.org%2Ftaxonomy%2F%3E%0A%0ASELECT%20DISTINCT%20*%20WHERE%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20gn%3ADevneocortex_ilm6_2p14rinv_1111%20%3Fp%20%3Fo%20.%0A%7D&format=text%2Fhtml&timeout=0&signal_void=on) + + +Another way to list datasets with the name that is used in GN: + +``` + SELECT DISTINCT ?dataset ?datasetName WHERE { ?dataset rdf:type/rdfs:subClassOf gnc:dataset . ?dataset rdfs:label ?datasetName . ?dataset gnt:belongsToInbredSet ?inbredSet . ?inbredSet skos:altLabel "BXD" . - } + } +``` -- info_dataset("CB_M_1004_P") - Get meta information about a data set. - PREFIX v: <http://www.w3.org/2006/vcard/ns#> - PREFIX foaf: <http://xmlns.com/foaf/0.1/> - PREFIX gdmt: <http://vocab.fairdatacollective.org/gdmt/> - PREFIX skos: <http://www.w3.org/2004/02/skos/core#> - PREFIX geoSeries: <http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=> - PREFIX gnt: <http://genenetwork.org/term/> - PREFIX gn: <http://genenetwork.org/id/> - PREFIX gnc: <http://genenetwork.org/category/> - PREFIX rdf: <http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#> - PREFIX owl: <http://www.w3.org/2002/07/owl#> - PREFIX rdfs: <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#> - PREFIX taxon: <http://purl.uniprot.org/taxonomy/> - PREFIX dct: <http://purl.org/dc/terms/> +- info_dataset("CB_M_1004_P") - Get meta information about a data set using the GN name: +``` SELECT DISTINCT * WHERE { ?s rdfs:label "CB_M_1004_P" . ?s ?p ?o . } +``` +(you should be using the identifier here) - info_datasets("B6D2F2") - Get meta information about all data sets for a group. - PREFIX v: <http://www.w3.org/2006/vcard/ns#> - PREFIX foaf: <http://xmlns.com/foaf/0.1/> - PREFIX gdmt: <http://vocab.fairdatacollective.org/gdmt/> - PREFIX skos: <http://www.w3.org/2004/02/skos/core#> - PREFIX geoSeries: <http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=> - PREFIX gnt: <http://genenetwork.org/term/> - PREFIX gn: <http://genenetwork.org/id/> - PREFIX gnc: <http://genenetwork.org/category/> - PREFIX rdf: <http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#> - PREFIX owl: <http://www.w3.org/2002/07/owl#> - PREFIX rdfs: <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#> - PREFIX taxon: <http://purl.uniprot.org/taxonomy/> - PREFIX dct: <http://purl.org/dc/terms/> - - SELECT DISTINCT * WHERE { +``` + SELECT DISTINCT * WHERE { ?s rdf:type/rdfs:subClassOf gnc:dataset . ?s gnt:belongsToInbredSet ?inbredSet . ?inbredSet skos:altLabel "B6D2F2" . ?s ?p ?o . } - +``` - info_pheno("BXD", "10038") - Get summary information for a phenotype - PREFIX dct: <http://purl.org/dc/terms/> - PREFIX gn: <http://genenetwork.org/id/> - PREFIX owl: <http://www.w3.org/2002/07/owl#> - PREFIX gnc: <http://genenetwork.org/category/> - PREFIX gnt: <http://genenetwork.org/terms/> - PREFIX skos: <http://www.w3.org/2004/02/skos/core#> - PREFIX rdf: <http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#> - PREFIX rdfs: <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#> - PREFIX xsd: <http://www.w3.org/2001/XMLSchema#> - PREFIX pubmed: <http://rdf.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/> - PREFIX fabio: <http://purl.org/spar/fabio/> - +``` SELECT DISTINCT * WHERE { ?s rdf:type gnc:phenotype . ?inbredSet skos:altLabel "BXD" . @@ -129,17 +141,18 @@ ?pub ?pubTerms ?pubResult . } } +``` > - get_pheno("BXD", "10646") - Get phenotype values for a classical trait. -lmdb +Use lmdb > - get_geno("BXD") - Get genotypes for a group. -lmdb +Use lmdb > - run_gemma("BXDPublish", "10015") - Perform a genome scan with gemma > - run_rqtl("BXDPublish", "10015") - Perform a genome scan with R/qtl > - run_correlation("HC_M2_0606_P", "BXDPublish", "1427571_at") - Finds traits that are correlated with a given trait. -NA +Not in SPARQL |