diff options
| author | Pjotr Prins | 2023-08-23 14:27:20 +0200 |
|---|---|---|
| committer | Pjotr Prins | 2023-08-23 14:27:20 +0200 |
| commit | 04fccc0b9d0cdee9679a8682f825e605e7368bd3 (patch) | |
| tree | 18cc719693d4786648d013f8d2a0d7b0de56715a | |
| parent | 3034f4d87c25a181278533acec3199dba62b8185 (diff) | |
| download | gn-docs-04fccc0b9d0cdee9679a8682f825e605e7368bd3.tar.gz | |
SPARQL: get set/group info
| -rw-r--r-- | api/sparql-endpoint.md | 21 |
1 files changed, 19 insertions, 2 deletions
diff --git a/api/sparql-endpoint.md b/api/sparql-endpoint.md index 6b92436..fe7f3a1 100644 --- a/api/sparql-endpoint.md +++ b/api/sparql-endpoint.md @@ -48,6 +48,15 @@ SPARQL examples are: } ``` +List all sets with species and description: + +```sparql + SELECT DISTINCT ?set ?species ?descr WHERE { + ?set rdf:type gnc:inbredSet ; + gnt:belongsToSpecies ?species . + OPTIONAL {?set rdfs:label ?descr } . +``` + And list all 50+ sets for Mouse: ```sparql @@ -60,8 +69,18 @@ And list all 50+ sets for Mouse: [try](https://sparql.genenetwork.org/sparql?default-graph-uri=&qtxt=%20%20%20%20%20%20%20PREFIX%20gn%3A%20%3Chttp%3A%2F%2Fgenenetwork.org%2Fid%2F%3E%0A%20%20%20%20%20%20%20%20PREFIX%20gnc%3A%20%3Chttp%3A%2F%2Fgenenetwork.org%2Fcategory%2F%3E%0A%20%20%20%20%20%20%20%20PREFIX%20owl%3A%20%3Chttp%3A%2F%2Fwww.w3.org%2F2002%2F07%2Fowl%23%3E%0A%20%20%20%20%20%20%20%20PREFIX%20gnt%3A%20%3Chttp%3A%2F%2Fgenenetwork.org%2Fterm%2F%3E%0A%20%20%20%20%20%20%20%20PREFIX%20skos%3A%20%3Chttp%3A%2F%2Fwww.w3.org%2F2004%2F02%2Fskos%2Fcore%23%3E%0A%20%20%20%20%20%20%20%20PREFIX%20rdf%3A%20%3Chttp%3A%2F%2Fwww.w3.org%2F1999%2F02%2F22-rdf-syntax-ns%23%3E%0A%20%20%20%20%20%20%20%20PREFIX%20rdfs%3A%20%3Chttp%3A%2F%2Fwww.w3.org%2F2000%2F01%2Frdf-schema%23%3E%0A%20%20%20%20%20%20%20%20PREFIX%20taxon%3A%20%3Chttp%3A%2F%2Fpurl.uniprot.org%2Ftaxonomy%2F%3E%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20SELECT%20DISTINCT%20*%20WHERE%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%3FinbredSet%20rdf%3Atype%20gnc%3AinbredSet%20%3B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20gnt%3AbelongsToSpecies%20gn%3AMus_musculus%20.%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20OPTIONAL%20%7B%3FinbredSet%20rdfs%3Alabel%20%3Fdescr%20%7D.%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%7D&format=text%2Fhtml&timeout=0&signal_void=on). +Show set info for one 'group' without tissue info + +```sparql + SELECT DISTINCT * WHERE { + gn:inbredSetHsnih-palmer ?p ?o . + FILTER ( !EXISTS{ gn:inbredSetHsnih-palmer gnt:hasTissue ?o }) . + } +``` + ## List all datasets for a group/population: + - list_datasets("BXD") - List available datasets for a given group (here, "BXD"). ```sparql @@ -174,8 +193,6 @@ The following works if you change the gnt prefix to terms. This is bug. ?pub ?pubTerms ?pubResult . } } - - ``` > - get_pheno("BXD", "10646") - Get phenotype values for a classical trait. |