about summary refs log tree commit diff
diff options
context:
space:
mode:
Diffstat
-rw-r--r--.gitignore2
-rw-r--r--Makefile20
-rw-r--r--Makefile.linux20
-rw-r--r--Makefile.macosx18
-rwxr-xr-xsrc/d2f.sh25
5 files changed, 9 insertions, 76 deletions
diff --git a/.gitignore b/.gitignore
index f694434..108e607 100644
--- a/.gitignore
+++ b/.gitignore
@@ -1,8 +1,6 @@
 *.o
 *.tar.gz
 src/Eigen
-src/*_float.h
-src/*_float.cpp
 example/output
 doc/manual.aux
 doc/manual.bbl
diff --git a/Makefile b/Makefile
index f595f3c..ed2f31f 100644
--- a/Makefile
+++ b/Makefile
@@ -7,7 +7,6 @@
 #       link to LAPACK              WITH_LAPACK
 #       32-bit binary        		FORCE_32BIT
 #       dynamic compilation    		FORCE_DYNAMIC
-#       float precision				FORCE_FLOAT
 
 # Set this variable to either LNX or MAC
 SYS = LNX
@@ -17,7 +16,6 @@ SYS = LNX
 WITH_LAPACK = 1
 FORCE_32BIT = 
 FORCE_DYNAMIC = 
-FORCE_FLOAT = 
 DIST_NAME = gemma-0.96
 
 # --------------------------------------------------------------------
@@ -41,10 +39,6 @@ endif
 
 OUTPUT = $(BIN_DIR)/gemma
 
-ifdef FORCE_FLOAT
-OUTPUT = $(BIN_DIR)/gemmaf
-endif
-
 SOURCES = $(SRC_DIR)/main.cpp
 
 HDR = 
@@ -55,16 +49,8 @@ LIBS_LNX_D_LAPACK = -llapack
 LIBS_MAC_D_LAPACK = -framework Veclib
 LIBS_LNX_S_LAPACK = /usr/lib/lapack/liblapack.a -lgfortran  /usr/lib/atlas-base/libatlas.a /usr/lib/libblas/libblas.a -Wl,--allow-multiple-definition 
 
-# Options
-
-ifdef FORCE_FLOAT
-  CPPFLAGS += -DFORCE_FLOAT
-  SOURCES += $(SRC_DIR)/param_float.cpp $(SRC_DIR)/gemma_float.cpp $(SRC_DIR)/io_float.cpp $(SRC_DIR)/lm_float.cpp $(SRC_DIR)/vc_float.cpp $(SRC_DIR)/lmm_float.cpp $(SRC_DIR)/mvlmm_float.cpp $(SRC_DIR)/bslmm_float.cpp $(SRC_DIR)/prdt_float.cpp $(SRC_DIR)/mathfunc_float.cpp $(SRC_DIR)/gzstream.cpp $(SRC_DIR)/eigenlib.cpp
-  HDR += $(SRC_DIR)/param_float.h $(SRC_DIR)/gemma_float.h $(SRC_DIR)/io_float.h $(SRC_DIR)/lm_float.h $(SRC_DIR)/lmm_float.h $(SRC_DIR)/vc_float.h $(SRC_DIR)/mvlmm_float.h $(SRC_DIR)/bslmm_float.h $(SRC_DIR)/prdt_float.h $(SRC_DIR)/mathfunc_float.h $(SRC_DIR)/gzstream.h $(SRC_DIR)/eigenlib.h
-else
-  SOURCES += $(SRC_DIR)/param.cpp $(SRC_DIR)/gemma.cpp $(SRC_DIR)/io.cpp $(SRC_DIR)/lm.cpp $(SRC_DIR)/lmm.cpp $(SRC_DIR)/vc.cpp $(SRC_DIR)/mvlmm.cpp $(SRC_DIR)/bslmm.cpp $(SRC_DIR)/prdt.cpp $(SRC_DIR)/mathfunc.cpp $(SRC_DIR)/gzstream.cpp $(SRC_DIR)/eigenlib.cpp $(SRC_DIR)/ldr.cpp $(SRC_DIR)/bslmmdap.cpp $(SRC_DIR)/logistic.cpp $(SRC_DIR)/varcov.cpp
-  HDR += $(SRC_DIR)/param.h $(SRC_DIR)/gemma.h $(SRC_DIR)/io.h $(SRC_DIR)/lm.h $(SRC_DIR)/lmm.h $(SRC_DIR)/vc.h $(SRC_DIR)/mvlmm.h $(SRC_DIR)/bslmm.h $(SRC_DIR)/prdt.h $(SRC_DIR)/mathfunc.h $(SRC_DIR)/gzstream.h $(SRC_DIR)/eigenlib.h
-endif
+SOURCES += $(SRC_DIR)/param.cpp $(SRC_DIR)/gemma.cpp $(SRC_DIR)/io.cpp $(SRC_DIR)/lm.cpp $(SRC_DIR)/lmm.cpp $(SRC_DIR)/vc.cpp $(SRC_DIR)/mvlmm.cpp $(SRC_DIR)/bslmm.cpp $(SRC_DIR)/prdt.cpp $(SRC_DIR)/mathfunc.cpp $(SRC_DIR)/gzstream.cpp $(SRC_DIR)/eigenlib.cpp $(SRC_DIR)/ldr.cpp $(SRC_DIR)/bslmmdap.cpp $(SRC_DIR)/logistic.cpp $(SRC_DIR)/varcov.cpp
+HDR += $(SRC_DIR)/param.h $(SRC_DIR)/gemma.h $(SRC_DIR)/io.h $(SRC_DIR)/lm.h $(SRC_DIR)/lmm.h $(SRC_DIR)/vc.h $(SRC_DIR)/mvlmm.h $(SRC_DIR)/bslmm.h $(SRC_DIR)/prdt.h $(SRC_DIR)/mathfunc.h $(SRC_DIR)/gzstream.h $(SRC_DIR)/eigenlib.h
 
 ifdef WITH_LAPACK
   OBJS += $(SRC_DIR)/lapack.o
@@ -110,7 +96,7 @@ $(OBJS) : $(HDR)
 
 
 clean:
-	rm -rf ${SRC_DIR}/*.o ${SRC_DIR}/*~ *~ ${SRC_DIR}/*_float.* $(OUTPUT)
+	rm -rf ${SRC_DIR}/*.o ${SRC_DIR}/*~ *~ $(OUTPUT)
 
 DIST_COMMON = COPYING.txt README.txt Makefile
 DIST_SUBDIRS = src doc example bin
diff --git a/Makefile.linux b/Makefile.linux
index 25a2e1b..0b2c0b9 100644
--- a/Makefile.linux
+++ b/Makefile.linux
@@ -7,7 +7,6 @@
 #       link to LAPACK              WITH_LAPACK
 #       32-bit binary        		FORCE_32BIT
 #       dynamic compilation    		FORCE_DYNAMIC
-#       float precision				FORCE_FLOAT
 
 # Set this variable to either LNX or MAC
 SYS = LNX
@@ -17,7 +16,6 @@ SYS = LNX
 WITH_LAPACK = 1
 FORCE_32BIT = 
 FORCE_DYNAMIC = 
-FORCE_FLOAT = 
 DIST_NAME = gemma-0.96alpha
 
 # --------------------------------------------------------------------
@@ -45,10 +43,6 @@ LIBS = /software/gsl-2.2.1-el7-x86_64/lib/libgslcblas.a \
 
 OUTPUT = $(BIN_DIR)/gemma
 
-ifdef FORCE_FLOAT
-OUTPUT = $(BIN_DIR)/gemmaf
-endif
-
 SOURCES = $(SRC_DIR)/main.cpp
 
 HDR = 
@@ -62,16 +56,8 @@ LIBS_LNX_S_LAPACK = /software/atlas-3.10.3-el7-x86_64/lib/liblapack.a \
    /software/atlas-3.10.3-el7-x86_64/lib/libatlas.a -lgfortran \
    -Wl,--allow-multiple-definition 
 
-# Options
-
-ifdef FORCE_FLOAT
-  CPPFLAGS += -DFORCE_FLOAT
-  SOURCES += $(SRC_DIR)/param_float.cpp $(SRC_DIR)/gemma_float.cpp $(SRC_DIR)/io_float.cpp $(SRC_DIR)/lm_float.cpp $(SRC_DIR)/vc_float.cpp $(SRC_DIR)/lmm_float.cpp $(SRC_DIR)/mvlmm_float.cpp $(SRC_DIR)/bslmm_float.cpp $(SRC_DIR)/prdt_float.cpp $(SRC_DIR)/mathfunc_float.cpp $(SRC_DIR)/gzstream.cpp $(SRC_DIR)/eigenlib.cpp
-  HDR += $(SRC_DIR)/param_float.h $(SRC_DIR)/gemma_float.h $(SRC_DIR)/io_float.h $(SRC_DIR)/lm_float.h $(SRC_DIR)/lmm_float.h $(SRC_DIR)/vc_float.h $(SRC_DIR)/mvlmm_float.h $(SRC_DIR)/bslmm_float.h $(SRC_DIR)/prdt_float.h $(SRC_DIR)/mathfunc_float.h $(SRC_DIR)/gzstream.h $(SRC_DIR)/eigenlib.h
-else
-  SOURCES += $(SRC_DIR)/param.cpp $(SRC_DIR)/gemma.cpp $(SRC_DIR)/io.cpp $(SRC_DIR)/lm.cpp $(SRC_DIR)/lmm.cpp $(SRC_DIR)/vc.cpp $(SRC_DIR)/mvlmm.cpp $(SRC_DIR)/bslmm.cpp $(SRC_DIR)/prdt.cpp $(SRC_DIR)/mathfunc.cpp $(SRC_DIR)/gzstream.cpp $(SRC_DIR)/eigenlib.cpp $(SRC_DIR)/ldr.cpp $(SRC_DIR)/bslmmdap.cpp $(SRC_DIR)/logistic.cpp $(SRC_DIR)/varcov.cpp
-  HDR += $(SRC_DIR)/param.h $(SRC_DIR)/gemma.h $(SRC_DIR)/io.h $(SRC_DIR)/lm.h $(SRC_DIR)/lmm.h $(SRC_DIR)/vc.h $(SRC_DIR)/mvlmm.h $(SRC_DIR)/bslmm.h $(SRC_DIR)/prdt.h $(SRC_DIR)/mathfunc.h $(SRC_DIR)/gzstream.h $(SRC_DIR)/eigenlib.h
-endif
+SOURCES += $(SRC_DIR)/param.cpp $(SRC_DIR)/gemma.cpp $(SRC_DIR)/io.cpp $(SRC_DIR)/lm.cpp $(SRC_DIR)/lmm.cpp $(SRC_DIR)/vc.cpp $(SRC_DIR)/mvlmm.cpp $(SRC_DIR)/bslmm.cpp $(SRC_DIR)/prdt.cpp $(SRC_DIR)/mathfunc.cpp $(SRC_DIR)/gzstream.cpp $(SRC_DIR)/eigenlib.cpp $(SRC_DIR)/ldr.cpp $(SRC_DIR)/bslmmdap.cpp $(SRC_DIR)/logistic.cpp $(SRC_DIR)/varcov.cpp
+HDR += $(SRC_DIR)/param.h $(SRC_DIR)/gemma.h $(SRC_DIR)/io.h $(SRC_DIR)/lm.h $(SRC_DIR)/lmm.h $(SRC_DIR)/vc.h $(SRC_DIR)/mvlmm.h $(SRC_DIR)/bslmm.h $(SRC_DIR)/prdt.h $(SRC_DIR)/mathfunc.h $(SRC_DIR)/gzstream.h $(SRC_DIR)/eigenlib.h
 
 ifdef WITH_LAPACK
   OBJS += $(SRC_DIR)/lapack.o
@@ -111,7 +97,7 @@ $(OBJS) : $(HDR)
 
 
 clean:
-	rm -rf ${SRC_DIR}/*.o ${SRC_DIR}/*~ *~ ${SRC_DIR}/*_float.* $(OUTPUT)
+	rm -rf ${SRC_DIR}/*.o ${SRC_DIR}/*~ *~ $(OUTPUT)
 
 DIST_COMMON = COPYING.txt README.txt Makefile
 DIST_SUBDIRS = src doc example bin
diff --git a/Makefile.macosx b/Makefile.macosx
index 798f09c..992e442 100644
--- a/Makefile.macosx
+++ b/Makefile.macosx
@@ -7,7 +7,6 @@
 #       link to LAPACK              WITH_LAPACK
 #       32-bit binary        		FORCE_32BIT
 #       dynamic compilation    		FORCE_DYNAMIC
-#       float precision				FORCE_FLOAT
 
 # Set this variable to either LNX or MAC
 SYS = MAC
@@ -17,7 +16,6 @@ SYS = MAC
 WITH_LAPACK = 1
 FORCE_32BIT = 
 FORCE_DYNAMIC = 1
-FORCE_FLOAT = 
 DIST_NAME = gemma-0.96
 
 # --------------------------------------------------------------------
@@ -37,10 +35,6 @@ LIBS = /usr/local/opt/gsl@1/lib/libgsl.a \
 
 OUTPUT = $(BIN_DIR)/gemma
 
-ifdef FORCE_FLOAT
-OUTPUT = $(BIN_DIR)/gemmaf
-endif
-
 SOURCES = $(SRC_DIR)/main.cpp
 
 HDR = 
@@ -53,14 +47,8 @@ LIBS_LNX_S_LAPACK = /usr/lib/lapack/liblapack.a -lgfortran  /usr/lib/atlas-base/
 
 # Options
 
-ifdef FORCE_FLOAT
-  CPPFLAGS += -DFORCE_FLOAT
-  SOURCES += $(SRC_DIR)/param_float.cpp $(SRC_DIR)/gemma_float.cpp $(SRC_DIR)/io_float.cpp $(SRC_DIR)/lm_float.cpp $(SRC_DIR)/vc_float.cpp $(SRC_DIR)/lmm_float.cpp $(SRC_DIR)/mvlmm_float.cpp $(SRC_DIR)/bslmm_float.cpp $(SRC_DIR)/prdt_float.cpp $(SRC_DIR)/mathfunc_float.cpp $(SRC_DIR)/gzstream.cpp $(SRC_DIR)/eigenlib.cpp
-  HDR += $(SRC_DIR)/param_float.h $(SRC_DIR)/gemma_float.h $(SRC_DIR)/io_float.h $(SRC_DIR)/lm_float.h $(SRC_DIR)/lmm_float.h $(SRC_DIR)/vc_float.h $(SRC_DIR)/mvlmm_float.h $(SRC_DIR)/bslmm_float.h $(SRC_DIR)/prdt_float.h $(SRC_DIR)/mathfunc_float.h $(SRC_DIR)/gzstream.h $(SRC_DIR)/eigenlib.h
-else
-  SOURCES += $(SRC_DIR)/param.cpp $(SRC_DIR)/gemma.cpp $(SRC_DIR)/io.cpp $(SRC_DIR)/lm.cpp $(SRC_DIR)/lmm.cpp $(SRC_DIR)/vc.cpp $(SRC_DIR)/mvlmm.cpp $(SRC_DIR)/bslmm.cpp $(SRC_DIR)/prdt.cpp $(SRC_DIR)/mathfunc.cpp $(SRC_DIR)/gzstream.cpp $(SRC_DIR)/eigenlib.cpp $(SRC_DIR)/ldr.cpp $(SRC_DIR)/bslmmdap.cpp $(SRC_DIR)/logistic.cpp $(SRC_DIR)/varcov.cpp
-  HDR += $(SRC_DIR)/param.h $(SRC_DIR)/gemma.h $(SRC_DIR)/io.h $(SRC_DIR)/lm.h $(SRC_DIR)/lmm.h $(SRC_DIR)/vc.h $(SRC_DIR)/mvlmm.h $(SRC_DIR)/bslmm.h $(SRC_DIR)/prdt.h $(SRC_DIR)/mathfunc.h $(SRC_DIR)/gzstream.h $(SRC_DIR)/eigenlib.h
-endif
+SOURCES += $(SRC_DIR)/param.cpp $(SRC_DIR)/gemma.cpp $(SRC_DIR)/io.cpp $(SRC_DIR)/lm.cpp $(SRC_DIR)/lmm.cpp $(SRC_DIR)/vc.cpp $(SRC_DIR)/mvlmm.cpp $(SRC_DIR)/bslmm.cpp $(SRC_DIR)/prdt.cpp $(SRC_DIR)/mathfunc.cpp $(SRC_DIR)/gzstream.cpp $(SRC_DIR)/eigenlib.cpp $(SRC_DIR)/ldr.cpp $(SRC_DIR)/bslmmdap.cpp $(SRC_DIR)/logistic.cpp $(SRC_DIR)/varcov.cpp
+HDR += $(SRC_DIR)/param.h $(SRC_DIR)/gemma.h $(SRC_DIR)/io.h $(SRC_DIR)/lm.h $(SRC_DIR)/lmm.h $(SRC_DIR)/vc.h $(SRC_DIR)/mvlmm.h $(SRC_DIR)/bslmm.h $(SRC_DIR)/prdt.h $(SRC_DIR)/mathfunc.h $(SRC_DIR)/gzstream.h $(SRC_DIR)/eigenlib.h
 
 ifdef WITH_LAPACK
   OBJS += $(SRC_DIR)/lapack.o
@@ -100,7 +88,7 @@ $(OBJS) : $(HDR)
 
 
 clean:
-	rm -rf ${SRC_DIR}/*.o ${SRC_DIR}/*~ *~ ${SRC_DIR}/*_float.* $(OUTPUT)
+	rm -rf ${SRC_DIR}/*.o ${SRC_DIR}/*~ *~ $(OUTPUT)
 
 DIST_COMMON = COPYING.txt README.txt Makefile
 DIST_SUBDIRS = src doc example bin
diff --git a/src/d2f.sh b/src/d2f.sh
deleted file mode 100755
index 8d61937..0000000
--- a/src/d2f.sh
+++ /dev/null
@@ -1,25 +0,0 @@
-#!/bin/bash
-
-for prefix in gemma param io lm lmm mvlmm bslmm mathfunc prdt vc
-do
-for extension in cpp h
-do
-cp ${prefix}.${extension} ${prefix}_float.${extension}
-sed -i.bak 's/_vector_/_vector_float_/g' ${prefix}_float.${extension}
-sed -i.bak 's/_vector /_vector_float /g' ${prefix}_float.${extension}
-sed -i.bak 's/_matrix_/_matrix_float_/g' ${prefix}_float.${extension}
-sed -i.bak 's/_matrix /_matrix_float /g' ${prefix}_float.${extension}
-sed -i.bak 's/ddot/dsdot/g' ${prefix}_float.${extension}
-sed -i.bak 's/dtrsv/strsv/g' ${prefix}_float.${extension}
-sed -i.bak 's/dtrsy/strsy/g' ${prefix}_float.${extension}
-sed -i.bak 's/dgemm/sgemm/g' ${prefix}_float.${extension}
-sed -i.bak 's/dgemv/sgemv/g' ${prefix}_float.${extension}
-sed -i.bak 's/dsyr/ssyr/g' ${prefix}_float.${extension}
-sed -i.bak 's/dsyr2/ssyr2/g' ${prefix}_float.${extension}
-sed -i.bak 's/ddot/sdot/g' ${prefix}_float.${extension}
-sed -i.bak 's/dger/sger/g' ${prefix}_float.${extension}
-sed -i.bak 's/dsyrk/ssyrk/g' ${prefix}_float.${extension}
-sed -i.bak 's/daxpy/saxpy/g' ${prefix}_float.${extension}
-rm ${prefix}_float.${extension}.bak
-done
-done
generated by cgit-pink 1.4.1 (git 2.36.1) at 2025-10-10 15:52:11 +0000