1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
|
import utilities
import datastructure
import genotypes
def get_probesetxref(probesetfreezeid):
cursor = utilities.get_cursor()
sql = """
SELECT ProbeSetXRef.`ProbeSetId`, ProbeSetXRef.`DataId`
FROM ProbeSetXRef
WHERE ProbeSetXRef.`ProbeSetFreezeId`=%s
"""
cursor.execute(sql, (probesetfreezeid))
return cursor.fetchall()
def get_probeset(probesetid):
cursor = utilities.get_cursor()
sql = """
SELECT ProbeSet.`Id`, ProbeSet.`Name`, ProbeSet.`Symbol`, ProbeSet.`description`, ProbeSet.`Probe_Target_Description`, ProbeSet.`Chr`, ProbeSet.`Mb`
FROM ProbeSet
WHERE ProbeSet.`Id`=%s
"""
cursor.execute(sql, (probesetid))
return cursor.fetchone()
def get_probesetdata(probesetdataid):
cursor = utilities.get_cursor()
sql = """
SELECT Strain.`Id`, Strain.`Name`, ProbeSetData.`value`
FROM ProbeSetData, Strain
WHERE ProbeSetData.`Id`=%s
AND ProbeSetData.`StrainId`=Strain.`Id`;
"""
cursor.execute(sql, (probesetdataid))
return cursor.fetchall()
def get_probesetxref_probesetfreezeid(locus, probesetfreezeid):
cursor = utilities.get_cursor()
sql = """
SELECT ProbeSetXRef.`ProbeSetId`
FROM ProbeSetXRef
WHERE ProbeSetXRef.`ProbeSetFreezeId`=%s
AND ProbeSetXRef.`Locus` LIKE %s
"""
cursor.execute(sql, (probesetfreezeid, locus))
return cursor.fetchall()
def get_probesetxref_inbredsetid(locus, inbredsetid):
cursor = utilities.get_cursor()
sql = """
SELECT ProbeSetXRef.`ProbeSetId`, ProbeSetXRef.`mean`, ProbeSetXRef.`LRS`, ProbeSetXRef.`Locus`, ProbeSetXRef.`ProbeSetFreezeId`
FROM (ProbeSetXRef, ProbeSetFreeze, ProbeFreeze)
WHERE ProbeSetXRef.`ProbeSetFreezeId`=ProbeSetFreeze.`Id`
AND ProbeSetFreeze.`ProbeFreezeId`=ProbeFreeze.`Id`
AND ProbeFreeze.`InbredSetId`=%s
AND ProbeSetXRef.`Locus` LIKE %s
"""
cursor.execute(sql, (inbredsetid, locus))
return cursor.fetchall()
def get_normalized_probeset(locus, inbredsetid):
normalized_probesets = []
probesetxrefs = get_probesetxref_inbredsetid(locus, inbredsetid)
for probesetxref in probesetxrefs:
normalized_probeset = []
#
probesetfreezeid = probesetxref[4]
probesetfreeze = datastructure.get_probesetfreeze(probesetfreezeid)
normalized_probeset.append(probesetfreeze[0])
normalized_probeset.append(probesetfreeze[1])
normalized_probeset.append(probesetfreeze[2])
#
probesetid = probesetxref[0]
probeset = get_probeset(probesetid)
normalized_probeset.append(probeset[1])
normalized_probeset.append(probeset[2])
normalized_probeset.append(probeset[3])
normalized_probeset.append(probeset[4])
normalized_probeset.append(probeset[5])
normalized_probeset.append(probeset[6])
#
normalized_probeset.append(probesetxref[1])
normalized_probeset.append(probesetxref[2])
#
locus = probesetxref[3]
geno = genotypes.get_geno(inbredsetid=inbredsetid, name=locus)
normalized_probeset.append(geno[2])
normalized_probeset.append(geno[3])
#
normalized_probesets.append(normalized_probeset)
return normalized_probesets
|
