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import sys
import utilities
import genotypes
def get_probesetxref(probesetfreezeid):
cursor = utilities.get_cursor()
sql = """
SELECT ProbeSetXRef.`ProbeSetId`, ProbeSetXRef.`DataId`
FROM ProbeSetXRef
WHERE ProbeSetXRef.`ProbeSetFreezeId`=%s
"""
cursor.execute(sql, (probesetfreezeid))
return cursor.fetchall()
def get_probeset(probesetid):
cursor = utilities.get_cursor()
sql = """
SELECT ProbeSet.`Id`, ProbeSet.`Name`, ProbeSet.`Symbol`, ProbeSet.`description`, ProbeSet.`Probe_Target_Description`, ProbeSet.`Chr`, ProbeSet.`Mb`
FROM ProbeSet
WHERE ProbeSet.`Id`=%s
"""
cursor.execute(sql, (probesetid))
return cursor.fetchone()
def get_probesetdata(probesetdataid):
cursor = utilities.get_cursor()
sql = """
SELECT Strain.`Id`, Strain.`Name`, ProbeSetData.`value`
FROM ProbeSetData, Strain
WHERE ProbeSetData.`Id`=%s
AND ProbeSetData.`StrainId`=Strain.`Id`;
"""
cursor.execute(sql, (probesetdataid))
return cursor.fetchall()
def get_probesetxref_probesetfreezeid(locus, probesetfreezeid):
cursor = utilities.get_cursor()
sql = """
SELECT ProbeSetXRef.`ProbeSetId`
FROM ProbeSetXRef
WHERE ProbeSetXRef.`ProbeSetFreezeId`=%s
AND ProbeSetXRef.`Locus` LIKE %s
"""
cursor.execute(sql, (probesetfreezeid, locus))
return cursor.fetchall()
def get_probesetxref_inbredsetid(locus, inbredsetid):
cursor = utilities.get_cursor()
sql = """
SELECT ProbeSetXRef.`ProbeSetId`, ProbeSetXRef.`mean`, ProbeSetXRef.`LRS`, ProbeSetXRef.`Locus`
FROM (ProbeSetXRef, ProbeSetFreeze, ProbeFreeze)
WHERE ProbeSetXRef.`ProbeSetFreezeId`=ProbeSetFreeze.`Id`
AND ProbeSetFreeze.`ProbeFreezeId`=ProbeFreeze.`Id`
AND ProbeFreeze.`InbredSetId`=%s
AND ProbeSetXRef.`Locus` LIKE %s
"""
cursor.execute(sql, (inbredsetid, locus))
return cursor.fetchall()
def get_normalized_probeset(locus, inbredsetid):
normalized_probesets = []
probesetxrefs = get_probesetxref_inbredsetid(locus, inbredsetid)
for probesetxref in probesetxrefs:
normalized_probeset = []
probesetid = probesetxref[0]
probeset = get_probeset(probesetid)
normalized_probeset.append(probeset[1])
normalized_probeset.append(probeset[2])
normalized_probeset.append(probeset[3])
normalized_probeset.append(probeset[4])
normalized_probeset.append(probeset[5])
normalized_probeset.append(probeset[6])
normalized_probeset.append(probesetxref[1])
normalized_probeset.append(probesetxref[2])
locus = probesetxref[3]
geno = genotypes.get_geno(inbredsetid=inbredsetid, name=locus)
normalized_probeset.append(geno[2])
normalized_probeset.append(geno[3])
normalized_probesets.append(normalized_probeset)
print normalized_probesets[:2]
get_normalized_probeset(locus="rs3663871", inbredsetid=1)
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