Implimented Karl Broman's lodchart code for the interval mapping function.

Suggestive/significant bars and additive effect curve added

1 files changed, 93 insertions, 0 deletions

diff --git a/web/gemma/BXD.fam b/web/gemma/BXD.fam
new file mode 100644
index 00000000..e4906c38
--- /dev/null
+++ b/web/gemma/BXD.fam
@@ -0,0 +1,93 @@
+BXD1 BXD1 0 0 0 x
+BXD2 BXD2 0 0 0 x
+BXD5 BXD5 0 0 0 0.333
+BXD6 BXD6 0 0 0 x
+BXD8 BXD8 0 0 0 x
+BXD9 BXD9 0 0 0 x
+BXD11 BXD11 0 0 0 x
+BXD12 BXD12 0 0 0 x
+BXD13 BXD13 0 0 0 x
+BXD14 BXD14 0 0 0 1.000
+BXD15 BXD15 0 0 0 x
+BXD16 BXD16 0 0 0 x
+BXD18 BXD18 0 0 0 x
+BXD19 BXD19 0 0 0 x
+BXD20 BXD20 0 0 0 x
+BXD21 BXD21 0 0 0 0.500
+BXD22 BXD22 0 0 0 x
+BXD23 BXD23 0 0 0 x
+BXD24a BXD24a 0 0 0 x
+BXD24 BXD24 0 0 0 x
+BXD25 BXD25 0 0 0 x
+BXD27 BXD27 0 0 0 x
+BXD28 BXD28 0 0 0 x
+BXD29 BXD29 0 0 0 x
+BXD30 BXD30 0 0 0 x
+BXD31 BXD31 0 0 0 x
+BXD32 BXD32 0 0 0 x
+BXD33 BXD33 0 0 0 x
+BXD34 BXD34 0 0 0 x
+BXD35 BXD35 0 0 0 x
+BXD36 BXD36 0 0 0 0.200
+BXD37 BXD37 0 0 0 x
+BXD38 BXD38 0 0 0 x
+BXD39 BXD39 0 0 0 x
+BXD40 BXD40 0 0 0 x
+BXD41 BXD41 0 0 0 x
+BXD42 BXD42 0 0 0 x
+BXD43 BXD43 0 0 0 0.222
+BXD44 BXD44 0 0 0 0.727
+BXD45 BXD45 0 0 0 x
+BXD48 BXD48 0 0 0 x
+BXD49 BXD49 0 0 0 x
+BXD50 BXD50 0 0 0 x
+BXD51 BXD51 0 0 0 x
+BXD52 BXD52 0 0 0 x
+BXD53 BXD53 0 0 0 x
+BXD54 BXD54 0 0 0 x
+BXD55 BXD55 0 0 0 x
+BXD56 BXD56 0 0 0 x
+BXD59 BXD59 0 0 0 x
+BXD60 BXD60 0 0 0 0.125
+BXD61 BXD61 0 0 0 x
+BXD62 BXD62 0 0 0 1.000
+BXD63 BXD63 0 0 0 x
+BXD64 BXD64 0 0 0 x
+BXD65 BXD65 0 0 0 x
+BXD66 BXD66 0 0 0 x
+BXD67 BXD67 0 0 0 x
+BXD68 BXD68 0 0 0 x
+BXD69 BXD69 0 0 0 0.300
+BXD70 BXD70 0 0 0 x
+BXD71 BXD71 0 0 0 x
+BXD72 BXD72 0 0 0 x
+BXD73 BXD73 0 0 0 x
+BXD74 BXD74 0 0 0 x
+BXD75 BXD75 0 0 0 x
+BXD76 BXD76 0 0 0 x
+BXD77 BXD77 0 0 0 x
+BXD78 BXD78 0 0 0 x
+BXD79 BXD79 0 0 0 x
+BXD80 BXD80 0 0 0 0.100
+BXD81 BXD81 0 0 0 x
+BXD83 BXD83 0 0 0 0.750
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+BXD85 BXD85 0 0 0 x
+BXD86 BXD86 0 0 0 0.500
+BXD87 BXD87 0 0 0 0.091
+BXD88 BXD88 0 0 0 x
+BXD89 BXD89 0 0 0 0.143
+BXD90 BXD90 0 0 0 x
+BXD91 BXD91 0 0 0 x
+BXD92 BXD92 0 0 0 0.200
+BXD93 BXD93 0 0 0 x
+BXD94 BXD94 0 0 0 x
+BXD95 BXD95 0 0 0 x
+BXD96 BXD96 0 0 0 x
+BXD97 BXD97 0 0 0 x
+BXD98 BXD98 0 0 0 x
+BXD99 BXD99 0 0 0 x
+BXD100 BXD100 0 0 0 x
+BXD101 BXD101 0 0 0 x
+BXD102 BXD102 0 0 0 x
+BXD103 BXD103 0 0 0 x