From 5252c296a389f296e97d95e56f13b77351b32bec Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Peter Carbonetto Date: Sun, 28 May 2017 11:52:30 -0500 Subject: Removed FORCE_FLOAT option from Makefiles. --- .gitignore | 2 -- Makefile | 20 +++----------------- Makefile.linux | 20 +++----------------- Makefile.macosx | 18 +++--------------- src/d2f.sh | 25 ------------------------- 5 files changed, 9 insertions(+), 76 deletions(-) delete mode 100755 src/d2f.sh diff --git a/.gitignore b/.gitignore index f694434..108e607 100644 --- a/.gitignore +++ b/.gitignore @@ -1,8 +1,6 @@ *.o *.tar.gz src/Eigen -src/*_float.h -src/*_float.cpp example/output doc/manual.aux doc/manual.bbl diff --git a/Makefile b/Makefile index f595f3c..ed2f31f 100644 --- a/Makefile +++ b/Makefile @@ -7,7 +7,6 @@ # link to LAPACK WITH_LAPACK # 32-bit binary FORCE_32BIT # dynamic compilation FORCE_DYNAMIC -# float precision FORCE_FLOAT # Set this variable to either LNX or MAC SYS = LNX @@ -17,7 +16,6 @@ SYS = LNX WITH_LAPACK = 1 FORCE_32BIT = FORCE_DYNAMIC = -FORCE_FLOAT = DIST_NAME = gemma-0.96 # -------------------------------------------------------------------- @@ -41,10 +39,6 @@ endif OUTPUT = $(BIN_DIR)/gemma -ifdef FORCE_FLOAT -OUTPUT = $(BIN_DIR)/gemmaf -endif - SOURCES = $(SRC_DIR)/main.cpp HDR = @@ -55,16 +49,8 @@ LIBS_LNX_D_LAPACK = -llapack LIBS_MAC_D_LAPACK = -framework Veclib LIBS_LNX_S_LAPACK = /usr/lib/lapack/liblapack.a -lgfortran /usr/lib/atlas-base/libatlas.a /usr/lib/libblas/libblas.a -Wl,--allow-multiple-definition -# Options - -ifdef FORCE_FLOAT - CPPFLAGS += -DFORCE_FLOAT - SOURCES += $(SRC_DIR)/param_float.cpp $(SRC_DIR)/gemma_float.cpp $(SRC_DIR)/io_float.cpp $(SRC_DIR)/lm_float.cpp $(SRC_DIR)/vc_float.cpp $(SRC_DIR)/lmm_float.cpp $(SRC_DIR)/mvlmm_float.cpp $(SRC_DIR)/bslmm_float.cpp $(SRC_DIR)/prdt_float.cpp $(SRC_DIR)/mathfunc_float.cpp $(SRC_DIR)/gzstream.cpp $(SRC_DIR)/eigenlib.cpp - HDR += $(SRC_DIR)/param_float.h $(SRC_DIR)/gemma_float.h $(SRC_DIR)/io_float.h $(SRC_DIR)/lm_float.h $(SRC_DIR)/lmm_float.h $(SRC_DIR)/vc_float.h $(SRC_DIR)/mvlmm_float.h $(SRC_DIR)/bslmm_float.h $(SRC_DIR)/prdt_float.h $(SRC_DIR)/mathfunc_float.h $(SRC_DIR)/gzstream.h $(SRC_DIR)/eigenlib.h -else - SOURCES += $(SRC_DIR)/param.cpp $(SRC_DIR)/gemma.cpp $(SRC_DIR)/io.cpp $(SRC_DIR)/lm.cpp $(SRC_DIR)/lmm.cpp $(SRC_DIR)/vc.cpp $(SRC_DIR)/mvlmm.cpp $(SRC_DIR)/bslmm.cpp $(SRC_DIR)/prdt.cpp $(SRC_DIR)/mathfunc.cpp $(SRC_DIR)/gzstream.cpp $(SRC_DIR)/eigenlib.cpp $(SRC_DIR)/ldr.cpp $(SRC_DIR)/bslmmdap.cpp $(SRC_DIR)/logistic.cpp $(SRC_DIR)/varcov.cpp - HDR += $(SRC_DIR)/param.h $(SRC_DIR)/gemma.h $(SRC_DIR)/io.h $(SRC_DIR)/lm.h $(SRC_DIR)/lmm.h $(SRC_DIR)/vc.h $(SRC_DIR)/mvlmm.h $(SRC_DIR)/bslmm.h $(SRC_DIR)/prdt.h $(SRC_DIR)/mathfunc.h $(SRC_DIR)/gzstream.h $(SRC_DIR)/eigenlib.h -endif +SOURCES += $(SRC_DIR)/param.cpp $(SRC_DIR)/gemma.cpp $(SRC_DIR)/io.cpp $(SRC_DIR)/lm.cpp $(SRC_DIR)/lmm.cpp $(SRC_DIR)/vc.cpp $(SRC_DIR)/mvlmm.cpp $(SRC_DIR)/bslmm.cpp $(SRC_DIR)/prdt.cpp $(SRC_DIR)/mathfunc.cpp $(SRC_DIR)/gzstream.cpp $(SRC_DIR)/eigenlib.cpp $(SRC_DIR)/ldr.cpp $(SRC_DIR)/bslmmdap.cpp $(SRC_DIR)/logistic.cpp $(SRC_DIR)/varcov.cpp +HDR += $(SRC_DIR)/param.h $(SRC_DIR)/gemma.h $(SRC_DIR)/io.h $(SRC_DIR)/lm.h $(SRC_DIR)/lmm.h $(SRC_DIR)/vc.h $(SRC_DIR)/mvlmm.h $(SRC_DIR)/bslmm.h $(SRC_DIR)/prdt.h $(SRC_DIR)/mathfunc.h $(SRC_DIR)/gzstream.h $(SRC_DIR)/eigenlib.h ifdef WITH_LAPACK OBJS += $(SRC_DIR)/lapack.o @@ -110,7 +96,7 @@ $(OBJS) : $(HDR) clean: - rm -rf ${SRC_DIR}/*.o ${SRC_DIR}/*~ *~ ${SRC_DIR}/*_float.* $(OUTPUT) + rm -rf ${SRC_DIR}/*.o ${SRC_DIR}/*~ *~ $(OUTPUT) DIST_COMMON = COPYING.txt README.txt Makefile DIST_SUBDIRS = src doc example bin diff --git a/Makefile.linux b/Makefile.linux index 25a2e1b..0b2c0b9 100644 --- a/Makefile.linux +++ b/Makefile.linux @@ -7,7 +7,6 @@ # link to LAPACK WITH_LAPACK # 32-bit binary FORCE_32BIT # dynamic compilation FORCE_DYNAMIC -# float precision FORCE_FLOAT # Set this variable to either LNX or MAC SYS = LNX @@ -17,7 +16,6 @@ SYS = LNX WITH_LAPACK = 1 FORCE_32BIT = FORCE_DYNAMIC = -FORCE_FLOAT = DIST_NAME = gemma-0.96alpha # -------------------------------------------------------------------- @@ -45,10 +43,6 @@ LIBS = /software/gsl-2.2.1-el7-x86_64/lib/libgslcblas.a \ OUTPUT = $(BIN_DIR)/gemma -ifdef FORCE_FLOAT -OUTPUT = $(BIN_DIR)/gemmaf -endif - SOURCES = $(SRC_DIR)/main.cpp HDR = @@ -62,16 +56,8 @@ LIBS_LNX_S_LAPACK = /software/atlas-3.10.3-el7-x86_64/lib/liblapack.a \ /software/atlas-3.10.3-el7-x86_64/lib/libatlas.a -lgfortran \ -Wl,--allow-multiple-definition -# Options - -ifdef FORCE_FLOAT - CPPFLAGS += -DFORCE_FLOAT - SOURCES += $(SRC_DIR)/param_float.cpp $(SRC_DIR)/gemma_float.cpp $(SRC_DIR)/io_float.cpp $(SRC_DIR)/lm_float.cpp $(SRC_DIR)/vc_float.cpp $(SRC_DIR)/lmm_float.cpp $(SRC_DIR)/mvlmm_float.cpp $(SRC_DIR)/bslmm_float.cpp $(SRC_DIR)/prdt_float.cpp $(SRC_DIR)/mathfunc_float.cpp $(SRC_DIR)/gzstream.cpp $(SRC_DIR)/eigenlib.cpp - HDR += $(SRC_DIR)/param_float.h $(SRC_DIR)/gemma_float.h $(SRC_DIR)/io_float.h $(SRC_DIR)/lm_float.h $(SRC_DIR)/lmm_float.h $(SRC_DIR)/vc_float.h $(SRC_DIR)/mvlmm_float.h $(SRC_DIR)/bslmm_float.h $(SRC_DIR)/prdt_float.h $(SRC_DIR)/mathfunc_float.h $(SRC_DIR)/gzstream.h $(SRC_DIR)/eigenlib.h -else - SOURCES += $(SRC_DIR)/param.cpp $(SRC_DIR)/gemma.cpp $(SRC_DIR)/io.cpp $(SRC_DIR)/lm.cpp $(SRC_DIR)/lmm.cpp $(SRC_DIR)/vc.cpp $(SRC_DIR)/mvlmm.cpp $(SRC_DIR)/bslmm.cpp $(SRC_DIR)/prdt.cpp $(SRC_DIR)/mathfunc.cpp $(SRC_DIR)/gzstream.cpp $(SRC_DIR)/eigenlib.cpp $(SRC_DIR)/ldr.cpp $(SRC_DIR)/bslmmdap.cpp $(SRC_DIR)/logistic.cpp $(SRC_DIR)/varcov.cpp - HDR += $(SRC_DIR)/param.h $(SRC_DIR)/gemma.h $(SRC_DIR)/io.h $(SRC_DIR)/lm.h $(SRC_DIR)/lmm.h $(SRC_DIR)/vc.h $(SRC_DIR)/mvlmm.h $(SRC_DIR)/bslmm.h $(SRC_DIR)/prdt.h $(SRC_DIR)/mathfunc.h $(SRC_DIR)/gzstream.h $(SRC_DIR)/eigenlib.h -endif +SOURCES += $(SRC_DIR)/param.cpp $(SRC_DIR)/gemma.cpp $(SRC_DIR)/io.cpp $(SRC_DIR)/lm.cpp $(SRC_DIR)/lmm.cpp $(SRC_DIR)/vc.cpp $(SRC_DIR)/mvlmm.cpp $(SRC_DIR)/bslmm.cpp $(SRC_DIR)/prdt.cpp $(SRC_DIR)/mathfunc.cpp $(SRC_DIR)/gzstream.cpp $(SRC_DIR)/eigenlib.cpp $(SRC_DIR)/ldr.cpp $(SRC_DIR)/bslmmdap.cpp $(SRC_DIR)/logistic.cpp $(SRC_DIR)/varcov.cpp +HDR += $(SRC_DIR)/param.h $(SRC_DIR)/gemma.h $(SRC_DIR)/io.h $(SRC_DIR)/lm.h $(SRC_DIR)/lmm.h $(SRC_DIR)/vc.h $(SRC_DIR)/mvlmm.h $(SRC_DIR)/bslmm.h $(SRC_DIR)/prdt.h $(SRC_DIR)/mathfunc.h $(SRC_DIR)/gzstream.h $(SRC_DIR)/eigenlib.h ifdef WITH_LAPACK OBJS += $(SRC_DIR)/lapack.o @@ -111,7 +97,7 @@ $(OBJS) : $(HDR) clean: - rm -rf ${SRC_DIR}/*.o ${SRC_DIR}/*~ *~ ${SRC_DIR}/*_float.* $(OUTPUT) + rm -rf ${SRC_DIR}/*.o ${SRC_DIR}/*~ *~ $(OUTPUT) DIST_COMMON = COPYING.txt README.txt Makefile DIST_SUBDIRS = src doc example bin diff --git a/Makefile.macosx b/Makefile.macosx index 798f09c..992e442 100644 --- a/Makefile.macosx +++ b/Makefile.macosx @@ -7,7 +7,6 @@ # link to LAPACK WITH_LAPACK # 32-bit binary FORCE_32BIT # dynamic compilation FORCE_DYNAMIC -# float precision FORCE_FLOAT # Set this variable to either LNX or MAC SYS = MAC @@ -17,7 +16,6 @@ SYS = MAC WITH_LAPACK = 1 FORCE_32BIT = FORCE_DYNAMIC = 1 -FORCE_FLOAT = DIST_NAME = gemma-0.96 # -------------------------------------------------------------------- @@ -37,10 +35,6 @@ LIBS = /usr/local/opt/gsl@1/lib/libgsl.a \ OUTPUT = $(BIN_DIR)/gemma -ifdef FORCE_FLOAT -OUTPUT = $(BIN_DIR)/gemmaf -endif - SOURCES = $(SRC_DIR)/main.cpp HDR = @@ -53,14 +47,8 @@ LIBS_LNX_S_LAPACK = /usr/lib/lapack/liblapack.a -lgfortran /usr/lib/atlas-base/ # Options -ifdef FORCE_FLOAT - CPPFLAGS += -DFORCE_FLOAT - SOURCES += $(SRC_DIR)/param_float.cpp $(SRC_DIR)/gemma_float.cpp $(SRC_DIR)/io_float.cpp $(SRC_DIR)/lm_float.cpp $(SRC_DIR)/vc_float.cpp $(SRC_DIR)/lmm_float.cpp $(SRC_DIR)/mvlmm_float.cpp $(SRC_DIR)/bslmm_float.cpp $(SRC_DIR)/prdt_float.cpp $(SRC_DIR)/mathfunc_float.cpp $(SRC_DIR)/gzstream.cpp $(SRC_DIR)/eigenlib.cpp - HDR += $(SRC_DIR)/param_float.h $(SRC_DIR)/gemma_float.h $(SRC_DIR)/io_float.h $(SRC_DIR)/lm_float.h $(SRC_DIR)/lmm_float.h $(SRC_DIR)/vc_float.h $(SRC_DIR)/mvlmm_float.h $(SRC_DIR)/bslmm_float.h $(SRC_DIR)/prdt_float.h $(SRC_DIR)/mathfunc_float.h $(SRC_DIR)/gzstream.h $(SRC_DIR)/eigenlib.h -else - SOURCES += $(SRC_DIR)/param.cpp $(SRC_DIR)/gemma.cpp $(SRC_DIR)/io.cpp $(SRC_DIR)/lm.cpp $(SRC_DIR)/lmm.cpp $(SRC_DIR)/vc.cpp $(SRC_DIR)/mvlmm.cpp $(SRC_DIR)/bslmm.cpp $(SRC_DIR)/prdt.cpp $(SRC_DIR)/mathfunc.cpp $(SRC_DIR)/gzstream.cpp $(SRC_DIR)/eigenlib.cpp $(SRC_DIR)/ldr.cpp $(SRC_DIR)/bslmmdap.cpp $(SRC_DIR)/logistic.cpp $(SRC_DIR)/varcov.cpp - HDR += $(SRC_DIR)/param.h $(SRC_DIR)/gemma.h $(SRC_DIR)/io.h $(SRC_DIR)/lm.h $(SRC_DIR)/lmm.h $(SRC_DIR)/vc.h $(SRC_DIR)/mvlmm.h $(SRC_DIR)/bslmm.h $(SRC_DIR)/prdt.h $(SRC_DIR)/mathfunc.h $(SRC_DIR)/gzstream.h $(SRC_DIR)/eigenlib.h -endif +SOURCES += $(SRC_DIR)/param.cpp $(SRC_DIR)/gemma.cpp $(SRC_DIR)/io.cpp $(SRC_DIR)/lm.cpp $(SRC_DIR)/lmm.cpp $(SRC_DIR)/vc.cpp $(SRC_DIR)/mvlmm.cpp $(SRC_DIR)/bslmm.cpp $(SRC_DIR)/prdt.cpp $(SRC_DIR)/mathfunc.cpp $(SRC_DIR)/gzstream.cpp $(SRC_DIR)/eigenlib.cpp $(SRC_DIR)/ldr.cpp $(SRC_DIR)/bslmmdap.cpp $(SRC_DIR)/logistic.cpp $(SRC_DIR)/varcov.cpp +HDR += $(SRC_DIR)/param.h $(SRC_DIR)/gemma.h $(SRC_DIR)/io.h $(SRC_DIR)/lm.h $(SRC_DIR)/lmm.h $(SRC_DIR)/vc.h $(SRC_DIR)/mvlmm.h $(SRC_DIR)/bslmm.h $(SRC_DIR)/prdt.h $(SRC_DIR)/mathfunc.h $(SRC_DIR)/gzstream.h $(SRC_DIR)/eigenlib.h ifdef WITH_LAPACK OBJS += $(SRC_DIR)/lapack.o @@ -100,7 +88,7 @@ $(OBJS) : $(HDR) clean: - rm -rf ${SRC_DIR}/*.o ${SRC_DIR}/*~ *~ ${SRC_DIR}/*_float.* $(OUTPUT) + rm -rf ${SRC_DIR}/*.o ${SRC_DIR}/*~ *~ $(OUTPUT) DIST_COMMON = COPYING.txt README.txt Makefile DIST_SUBDIRS = src doc example bin diff --git a/src/d2f.sh b/src/d2f.sh deleted file mode 100755 index 8d61937..0000000 --- a/src/d2f.sh +++ /dev/null @@ -1,25 +0,0 @@ -#!/bin/bash - -for prefix in gemma param io lm lmm mvlmm bslmm mathfunc prdt vc -do -for extension in cpp h -do -cp ${prefix}.${extension} ${prefix}_float.${extension} -sed -i.bak 's/_vector_/_vector_float_/g' ${prefix}_float.${extension} -sed -i.bak 's/_vector /_vector_float /g' ${prefix}_float.${extension} -sed -i.bak 's/_matrix_/_matrix_float_/g' ${prefix}_float.${extension} -sed -i.bak 's/_matrix /_matrix_float /g' ${prefix}_float.${extension} -sed -i.bak 's/ddot/dsdot/g' ${prefix}_float.${extension} -sed -i.bak 's/dtrsv/strsv/g' ${prefix}_float.${extension} -sed -i.bak 's/dtrsy/strsy/g' ${prefix}_float.${extension} -sed -i.bak 's/dgemm/sgemm/g' ${prefix}_float.${extension} -sed -i.bak 's/dgemv/sgemv/g' ${prefix}_float.${extension} -sed -i.bak 's/dsyr/ssyr/g' ${prefix}_float.${extension} -sed -i.bak 's/dsyr2/ssyr2/g' ${prefix}_float.${extension} -sed -i.bak 's/ddot/sdot/g' ${prefix}_float.${extension} -sed -i.bak 's/dger/sger/g' ${prefix}_float.${extension} -sed -i.bak 's/dsyrk/ssyrk/g' ${prefix}_float.${extension} -sed -i.bak 's/daxpy/saxpy/g' ${prefix}_float.${extension} -rm ${prefix}_float.${extension}.bak -done -done -- cgit v1.2.3