# GENENETWORK SPARQL endpoint
SPARQL is the query language for our RDF database. This endpoint can export HTML, JSON and TSV(!)
Note that we created a reflective REST API that executes similar queries. See the [REST API](GN-REST-API-v2.md).
SPARQL examples are:
## Get species info
- list_species() - List available species.
PREFIX gn:
PREFIX gnc:
PREFIX owl:
PREFIX gnt:
PREFIX skos:
PREFIX rdf:
PREFIX rdfs:
PREFIX taxon:
SELECT DISTINCT * WHERE {
?s rdf:type gnc:species .
?s ?p ?o .
}
[try me] (https://sparql.genenetwork.org/sparql?default-graph-uri=&qtxt=%20%20%20%20%20%20%20%20PREFIX%20gn%3A%20%3Chttp%3A%2F%2Fgenenetwork.org%2Fid%2F%3E%0A%20%20%20%20%20%20%20%20PREFIX%20gnc%3A%20%3Chttp%3A%2F%2Fgenenetwork.org%2Fcategory%2F%3E%0A%20%20%20%20%20%20%20%20PREFIX%20owl%3A%20%3Chttp%3A%2F%2Fwww.w3.org%2F2002%2F07%2Fowl%23%3E%0A%20%20%20%20%20%20%20%20PREFIX%20gnt%3A%20%3Chttp%3A%2F%2Fgenenetwork.org%2Fterm%2F%3E%0A%20%20%20%20%20%20%20%20PREFIX%20skos%3A%20%3Chttp%3A%2F%2Fwww.w3.org%2F2004%2F02%2Fskos%2Fcore%23%3E%0A%20%20%20%20%20%20%20%20PREFIX%20rdf%3A%20%3Chttp%3A%2F%2Fwww.w3.org%2F1999%2F02%2F22-rdf-syntax-ns%23%3E%0A%20%20%20%20%20%20%20%20PREFIX%20rdfs%3A%20%3Chttp%3A%2F%2Fwww.w3.org%2F2000%2F01%2Frdf-schema%23%3E%0A%20%20%20%20%20%20%20%20PREFIX%20taxon%3A%20%3Chttp%3A%2F%2Fpurl.uniprot.org%2Ftaxonomy%2F%3E%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20SELECT%20DISTINCT%20*%20WHERE%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%3Fs%20rdf%3Atype%20gnc%3Aspecies%20.%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%3Fs%20%3Fp%20%3Fo%20.%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%7D%0A%0A&format=text%2Fhtml&timeout=0&signal_void=on)
## Get 'group' or population info
- list_groups("drosophila") - List available groups of datasets
```sparql
PREFIX gn:
PREFIX gnc:
PREFIX owl:
PREFIX gnt:
PREFIX skos:
PREFIX rdf:
PREFIX rdfs:
PREFIX taxon:
SELECT ?inbredSet WHERE {
rdf:type gnc:species .
?species skos:altLabel "drosophila" .
?inbredSet rdf:type gnc:inbredSet .
?inbredSet gnt:belongsToSpecies ?species .
}
```
And list all 50+ sets for Mouse:
```sql
SELECT DISTINCT * WHERE {
?inbredSet rdf:type gnc:inbredSet ;
gnt:belongsToSpecies gn:Mus_musculus .
OPTIONAL {?inbredSet rdfs:label ?descr }.
}
```
[try](https://sparql.genenetwork.org/sparql?default-graph-uri=&qtxt=%20%20%20%20%20%20%20PREFIX%20gn%3A%20%3Chttp%3A%2F%2Fgenenetwork.org%2Fid%2F%3E%0A%20%20%20%20%20%20%20%20PREFIX%20gnc%3A%20%3Chttp%3A%2F%2Fgenenetwork.org%2Fcategory%2F%3E%0A%20%20%20%20%20%20%20%20PREFIX%20owl%3A%20%3Chttp%3A%2F%2Fwww.w3.org%2F2002%2F07%2Fowl%23%3E%0A%20%20%20%20%20%20%20%20PREFIX%20gnt%3A%20%3Chttp%3A%2F%2Fgenenetwork.org%2Fterm%2F%3E%0A%20%20%20%20%20%20%20%20PREFIX%20skos%3A%20%3Chttp%3A%2F%2Fwww.w3.org%2F2004%2F02%2Fskos%2Fcore%23%3E%0A%20%20%20%20%20%20%20%20PREFIX%20rdf%3A%20%3Chttp%3A%2F%2Fwww.w3.org%2F1999%2F02%2F22-rdf-syntax-ns%23%3E%0A%20%20%20%20%20%20%20%20PREFIX%20rdfs%3A%20%3Chttp%3A%2F%2Fwww.w3.org%2F2000%2F01%2Frdf-schema%23%3E%0A%20%20%20%20%20%20%20%20PREFIX%20taxon%3A%20%3Chttp%3A%2F%2Fpurl.uniprot.org%2Ftaxonomy%2F%3E%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20SELECT%20DISTINCT%20*%20WHERE%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%3FinbredSet%20rdf%3Atype%20gnc%3AinbredSet%20%3B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20gnt%3AbelongsToSpecies%20gn%3AMus_musculus%20.%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20OPTIONAL%20%7B%3FinbredSet%20rdfs%3Alabel%20%3Fdescr%20%7D.%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%7D&format=text%2Fhtml&timeout=0&signal_void=on).
## List all datasets for a group/population:
- list_datasets("BXD") - List available datasets for a given group (here, "BXD").
```
SELECT DISTINCT * WHERE {
?dataset gnt:belongsToInbredSet gn:inbredSetBxd ;
rdfs:label ?descr .
}
```
[try](https://sparql.genenetwork.org/sparql?default-graph-uri=&qtxt=%20%20%20%20%20%20%20%20PREFIX%20gn%3A%20%3Chttp%3A%2F%2Fgenenetwork.org%2Fid%2F%3E%0A%20%20%20%20%20%20%20%20PREFIX%20gnc%3A%20%3Chttp%3A%2F%2Fgenenetwork.org%2Fcategory%2F%3E%0A%20%20%20%20%20%20%20%20PREFIX%20owl%3A%20%3Chttp%3A%2F%2Fwww.w3.org%2F2002%2F07%2Fowl%23%3E%0A%20%20%20%20%20%20%20%20PREFIX%20gnt%3A%20%3Chttp%3A%2F%2Fgenenetwork.org%2Fterm%2F%3E%0A%20%20%20%20%20%20%20%20PREFIX%20skos%3A%20%3Chttp%3A%2F%2Fwww.w3.org%2F2004%2F02%2Fskos%2Fcore%23%3E%0A%20%20%20%20%20%20%20%20PREFIX%20rdf%3A%20%3Chttp%3A%2F%2Fwww.w3.org%2F1999%2F02%2F22-rdf-syntax-ns%23%3E%0A%20%20%20%20%20%20%20%20PREFIX%20rdfs%3A%20%3Chttp%3A%2F%2Fwww.w3.org%2F2000%2F01%2Frdf-schema%23%3E%0A%20%20%20%20%20%20%20%20PREFIX%20taxon%3A%20%3Chttp%3A%2F%2Fpurl.uniprot.org%2Ftaxonomy%2F%3E%0A%0ASELECT%20DISTINCT%20*%20WHERE%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%3Fdataset%20gnt%3AbelongsToInbredSet%20gn%3AinbredSetBxd%20%3B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20rdfs%3Alabel%20%3Fdescr%20.%0A%7D&format=text%2Fhtml&timeout=0&signal_void=on)
Pick one, e.g. http://genenetwork.org/id/Devneocortex_ilm6_2p14rinv_1111 or `gn:Devneocortex_ilm6_2p14rinv_1111`
```
SELECT DISTINCT * WHERE {
gn:Devneocortex_ilm6_2p14rinv_1111 ?p ?o .
}
```
Will show something like:
```
http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#type http://genenetwork.org/category/probesetDataset
http://purl.org/dc/terms/created "2011-11-18"
http://www.w3.org/2004/02/skos/core#prefLabel "BIDMC/UTHSC Dev Neocortex P14 ILMv6.2 (Nov10)"
http://genenetwork.org/term/belongsToInbredSet http://genenetwork.org/id/inbredSetBxd
http://vocab.fairdatacollective.org/gdmt/hasCreatorAffiliation "Beth Israel Deaconess Medical Center"
```
[try](https://sparql.genenetwork.org/sparql?default-graph-uri=&qtxt=%20%20%20%20%20%20%20%20PREFIX%20gn%3A%20%3Chttp%3A%2F%2Fgenenetwork.org%2Fid%2F%3E%0A%20%20%20%20%20%20%20%20PREFIX%20gnc%3A%20%3Chttp%3A%2F%2Fgenenetwork.org%2Fcategory%2F%3E%0A%20%20%20%20%20%20%20%20PREFIX%20owl%3A%20%3Chttp%3A%2F%2Fwww.w3.org%2F2002%2F07%2Fowl%23%3E%0A%20%20%20%20%20%20%20%20PREFIX%20gnt%3A%20%3Chttp%3A%2F%2Fgenenetwork.org%2Fterm%2F%3E%0A%20%20%20%20%20%20%20%20PREFIX%20skos%3A%20%3Chttp%3A%2F%2Fwww.w3.org%2F2004%2F02%2Fskos%2Fcore%23%3E%0A%20%20%20%20%20%20%20%20PREFIX%20rdf%3A%20%3Chttp%3A%2F%2Fwww.w3.org%2F1999%2F02%2F22-rdf-syntax-ns%23%3E%0A%20%20%20%20%20%20%20%20PREFIX%20rdfs%3A%20%3Chttp%3A%2F%2Fwww.w3.org%2F2000%2F01%2Frdf-schema%23%3E%0A%20%20%20%20%20%20%20%20PREFIX%20taxon%3A%20%3Chttp%3A%2F%2Fpurl.uniprot.org%2Ftaxonomy%2F%3E%0A%0ASELECT%20DISTINCT%20*%20WHERE%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20gn%3ADevneocortex_ilm6_2p14rinv_1111%20%3Fp%20%3Fo%20.%0A%7D&format=text%2Fhtml&timeout=0&signal_void=on)
Another way to list datasets with the name that is used in GN:
```
SELECT DISTINCT ?dataset ?datasetName WHERE {
?dataset rdf:type/rdfs:subClassOf gnc:dataset .
?dataset rdfs:label ?datasetName .
?dataset gnt:belongsToInbredSet ?inbredSet .
?inbredSet skos:altLabel "BXD" .
}
```
- info_dataset("CB_M_1004_P") - Get meta information about a data set using the GN name:
```
SELECT DISTINCT * WHERE {
?s rdfs:label "CB_M_1004_P" .
?s ?p ?o .
}
```
(you should be using the identifier here)
- info_datasets("B6D2F2") - Get meta information about all data sets for a group.
```
SELECT DISTINCT * WHERE {
?s rdf:type/rdfs:subClassOf gnc:dataset .
?s gnt:belongsToInbredSet ?inbredSet .
?inbredSet skos:altLabel "B6D2F2" .
?s ?p ?o .
}
```
- info_pheno("BXD", "10038") - Get summary information for a phenotype
```
SELECT DISTINCT * WHERE {
?s rdf:type gnc:phenotype .
?inbredSet skos:altLabel "BXD" .
?s gnt:belongsToInbredSet ?inbredSet.
?s gnt:traitName "10001" .
?s ?p ?o .
OPTIONAL {
?pub fabio:hasPubMedId ?pmid .
?s dct:isReferencedBy ?pmid .
?pub ?pubTerms ?pubResult .
}
}
```
> - get_pheno("BXD", "10646") - Get phenotype values for a classical trait.
Use lmdb
> - get_geno("BXD") - Get genotypes for a group.
Use lmdb
> - run_gemma("BXDPublish", "10015") - Perform a genome scan with gemma
> - run_rqtl("BXDPublish", "10015") - Perform a genome scan with R/qtl
> - run_correlation("HC_M2_0606_P", "BXDPublish", "1427571_at") - Finds traits that are correlated with a given trait.
Not in SPARQL