From 3034f4d87c25a181278533acec3199dba62b8185 Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: Pjotr Prins
Date: Sun, 20 Aug 2023 11:46:39 +0200
Subject: SPARQL: fixes
---
api/sparql-endpoint.md | 18 +++++++++++++++++-
1 file changed, 17 insertions(+), 1 deletion(-)
diff --git a/api/sparql-endpoint.md b/api/sparql-endpoint.md
index b022a08..6b92436 100644
--- a/api/sparql-endpoint.md
+++ b/api/sparql-endpoint.md
@@ -24,7 +24,7 @@ SPARQL examples are:
?s ?p ?o .
}
-[try me] (https://sparql.genenetwork.org/sparql?default-graph-uri=&qtxt=%20%20%20%20%20%20%20%20PREFIX%20gn%3A%20%3Chttp%3A%2F%2Fgenenetwork.org%2Fid%2F%3E%0A%20%20%20%20%20%20%20%20PREFIX%20gnc%3A%20%3Chttp%3A%2F%2Fgenenetwork.org%2Fcategory%2F%3E%0A%20%20%20%20%20%20%20%20PREFIX%20owl%3A%20%3Chttp%3A%2F%2Fwww.w3.org%2F2002%2F07%2Fowl%23%3E%0A%20%20%20%20%20%20%20%20PREFIX%20gnt%3A%20%3Chttp%3A%2F%2Fgenenetwork.org%2Fterm%2F%3E%0A%20%20%20%20%20%20%20%20PREFIX%20skos%3A%20%3Chttp%3A%2F%2Fwww.w3.org%2F2004%2F02%2Fskos%2Fcore%23%3E%0A%20%20%20%20%20%20%20%20PREFIX%20rdf%3A%20%3Chttp%3A%2F%2Fwww.w3.org%2F1999%2F02%2F22-rdf-syntax-ns%23%3E%0A%20%20%20%20%20%20%20%20PREFIX%20rdfs%3A%20%3Chttp%3A%2F%2Fwww.w3.org%2F2000%2F01%2Frdf-schema%23%3E%0A%20%20%20%20%20%20%20%20PREFIX%20taxon%3A%20%3Chttp%3A%2F%2Fpurl.uniprot.org%2Ftaxonomy%2F%3E%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20SELECT%20DISTINCT%20*%20WHERE%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%3Fs%20rdf%3Atype%20gnc%3Aspecies%20.%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%3Fs%20%3Fp%20%3Fo%20.%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%7D%0A%0A&format=text%2Fhtml&timeout=0&signal_void=on)
+[try](https://sparql.genenetwork.org/sparql?default-graph-uri=&qtxt=%20%20%20%20%20%20%20%20PREFIX%20gn%3A%20%3Chttp%3A%2F%2Fgenenetwork.org%2Fid%2F%3E%0A%20%20%20%20%20%20%20%20PREFIX%20gnc%3A%20%3Chttp%3A%2F%2Fgenenetwork.org%2Fcategory%2F%3E%0A%20%20%20%20%20%20%20%20PREFIX%20owl%3A%20%3Chttp%3A%2F%2Fwww.w3.org%2F2002%2F07%2Fowl%23%3E%0A%20%20%20%20%20%20%20%20PREFIX%20gnt%3A%20%3Chttp%3A%2F%2Fgenenetwork.org%2Fterm%2F%3E%0A%20%20%20%20%20%20%20%20PREFIX%20skos%3A%20%3Chttp%3A%2F%2Fwww.w3.org%2F2004%2F02%2Fskos%2Fcore%23%3E%0A%20%20%20%20%20%20%20%20PREFIX%20rdf%3A%20%3Chttp%3A%2F%2Fwww.w3.org%2F1999%2F02%2F22-rdf-syntax-ns%23%3E%0A%20%20%20%20%20%20%20%20PREFIX%20rdfs%3A%20%3Chttp%3A%2F%2Fwww.w3.org%2F2000%2F01%2Frdf-schema%23%3E%0A%20%20%20%20%20%20%20%20PREFIX%20taxon%3A%20%3Chttp%3A%2F%2Fpurl.uniprot.org%2Ftaxonomy%2F%3E%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20SELECT%20DISTINCT%20*%20WHERE%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%3Fs%20rdf%3Atype%20gnc%3Aspecies%20.%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%3Fs%20%3Fp%20%3Fo%20.%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%7D%0A%0A&format=text%2Fhtml&timeout=0&signal_void=on)
## Get 'group' or population info
@@ -147,7 +147,21 @@ And count them!
```
- info_pheno("BXD", "10038") - Get summary information for a phenotype
+The following works if you change the gnt prefix to terms. This is bug.
+
```sparql
+
+ PREFIX gn: <http://genenetwork.org/id/>
+ PREFIX gnc: <http://genenetwork.org/category/>
+ PREFIX owl: <http://www.w3.org/2002/07/owl#>
+ PREFIX gnt: <http://genenetwork.org/term/>
+ PREFIX skos: <http://www.w3.org/2004/02/skos/core#>
+ PREFIX rdf: <http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#>
+ PREFIX rdfs: <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#>
+ PREFIX taxon: <http://purl.uniprot.org/taxonomy/>
+ PREFIX fabio: <http://purl.org/spar/fabio/>
+ PREFIX dct: <http://purl.org/dc/terms/>
+
SELECT DISTINCT * WHERE {
?s rdf:type gnc:phenotype .
?inbredSet skos:altLabel "BXD" .
@@ -160,6 +174,8 @@ And count them!
?pub ?pubTerms ?pubResult .
}
}
+
+
```
> - get_pheno("BXD", "10646") - Get phenotype values for a classical trait.
--
cgit v1.2.3