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#this is the corrected HXB/BXH RAT genotype file of Nov 2007, it should be tab-delimited
#Rob Williams redid the map order using Nov 2004 Rat Assembly (UCSC). Rob deleted two markers that could not be verfieid and that had high number of double recombinations.
#the first three/four columns should be ""Chr, Locus, cM, [Mb]"" (case sensitive)
#Not all markers were reBLATted to Nov 2004 assembly, but all markers with possible problems (confusion with mouse markers and genes) were reBLATted.
#please save as Unix format text file.
#comment line always start with a '#'
#type riset or intercross
@type:riset
#@type:intercross
@name:HXB/BXH
#abbreviation of maternal or paternal parents
@mat:B
@pat:D
#heterozygous , optional, default is ""H"""
@het:H
#Unknown , optional, default is ""U"""
@unk:U
#Last comment here
Chr Locus cM Mb HXB1 HXB2 HXB3 HXB4 HXB5 HXB7 HXB9 HXB10 HXB13 HXB14 HXB15 HXB16 HXB17 HXB18 HXB19 HXB20 HXB21 HXB22 HXB23 HXB24 HXB25 HXB26 HXB27 HXB29 HXB30 HXB31 BXH2 BXH3 BXH5 BXH6 BXH8 BXH9 BXH10 BXH11 BXH12 BXH13
1 D1Rat327 0.0 8.210068 B D B D D B D D B B B B B B D B B D B D D B B B B B B D D D D B B D D B
1 D1Rat186 2.4 15.833506 D D B D D B D D B B B D B B D B B B B D D B B B B B B D D D D B B D D B
1 D1Mgh2 9.8 22.745906 D D B D D B D D B B D D D B B B D B B B D B B B B B B D D D B B B B D B
1 D1Utr61 12.3 27.000000 D D B D D B D D B B D D D B B B D D B B D D B B B B B D D D B B B B B B
1 Slc9a3 13.0 29.933852 D D B D D B D D B B D D D B B B D D B B D D B B B B B D D D D B B B B B
1 D1Rat15 15.4 37.801966 D B B D D B D D D B D D D B B B D B B B D D B B B B B D D D D B B B B B
1 D1Utr11 22.8 43.000000 D B B D D D B D D D B D D D B B D B B B D D D B B D B D D D D B B B B B
1 D1Mit9 23.5 43.843426 D B B D D D B D D D B D D B B B D B B B D D D B B D B D D D D B B B B B
1 D1Ntr8 25.1 46.000000 D D B D D D B D B D B D D B B B D B B B D D D B B D B D D D D B B B B B
1 D1Rat256 27.5 53.874952 D D D D D D B D B D D D D D B B D B B B D D D B B D B D D D D B B B B B
1 D1Pas1 30.0 60.000000 D D D D D D B D B D D D B D B B D B B D D D B B B D B D D D D B B B B B
1 D1Cebrp131s2 31.5 68.000000 D D D D D D B D B D D D B D B B D B B D D D B B B D D D D D D B B D B B
1 D1Rat24 33.0 76.810806 D D D D D D B D B D D D B D B B D B B D D B B B B B D D D D D B B D B B
1 Cyp2b2 34.6 81.658155 D D D D D D B B B D D D B D B B D B D D D B B B B B D D D D D B B D B B
1 D1Rat212 36.1 83.000000 D D D D D D B B B D D D B D B B D B D D D B B B B B D D D D D D D D B B
1 D1Rat266 38.6 91.998231 D D D D D D B B B D D D B D B B D B D D D B B B B D B D B D D D D D B B
1 Klk1 41.0 94.355759 D D D D D D B B B D D D B D B B D D D D D B B B B D B D B D B D B D B B
1 D1Rat30 43.4 100.618142 B D D D D D B B B D D D D D B B D D D D D B B B B D B D B D B D B D D B
1 D1Rat268 46.9 109.344883 B D D D D D B D D D D D D D B B D D D D D B B D B D B B B D B D B D D B
1 D1Arb11 47.6 122.541566 D D D D D D B D D D D D D D B B D D D D D B B D B D B B B D B D B D D B
1 D1Cebr31s2 48.3 123.000000 D D D D D D B D D D D D D D B B D D B D D B B D B D B B B D B D B D D B
1 D1Rat35 51.8 124.827265 B D D D D D B D D D D D D D B B D D B D B B B D B D B B B B B D B D B B
1 D1Rat270 56.4 130.368659 B D D D D D B D B D D D B B B B D D B B B B B D B D B B B B B B B D B B
1 D1Rat42 59.8 135.496747 B D B D D D B D B D B D B B B B D B B B B B B B B D B B B B B B B D B B
1 D1Mit34 97.8 157.468708 B D D D D D D B B B B D D B B D D B B D B B B D D B D B B B D D B D D D
1 D1Rat47 110.0 158.590248 D D B D D B B D B D B D B B B B D B D B B D B B B D B D B B B B D D B B
1 D1Arb17 114.8 170.000000 D D B D D B B B B D B D B B B B D B D B B D B B B B B D B B B B D D B B
1 D1Cebr52s3 116.5 174.000000 D D B D D B B B B D B D B B B B D B D B B B B D B B B D B B B B D D B B
1 Scnn1g 119.2 180.555660 D D B D D B B B B D B D D B B B D B D B B B B D B B B D B B B D D D B B
1 D1Rat287 123.2 190.014248 D D B D D B B B B D B D D B B B D B D B B B B D B B B D B B B D B D B B
1 Mt1pa 123.6 191.000000 D D B D D B B B B D B D D B B B D B B B B B B D B B B D B B B D B D B B
1 D1Cebr10s3 126.5 198.000000 D D D D D B B B B D B D D D B B D D D B D B B D B B B D B B D D B D B B
1 Igf2 128.0 202.909395 D D D D D B B B B D B D D D B B D D B B D B B D B B B D B B D D B D B B
1 D1Rat293 132.7 212.781887 D D B D D B B B B B B D D D B B D B B B D B B D B B D D B D D D B D D B
1 D1Rat71 134.3 216.562940 D D B D D B B B B B B D D D B B D B D D D B B D B B D D B D D D B D D B
1 D1Rat296 136.6 222.000000 D D B D D D B B B B B D D D B D D B D D B B B D B B D B B B D D B D D B
1 Jak2 141.1 232.915995 B D D D D D D B B B B B B B B D D B B D B B B D D B D B B B D D B D D D
1 D1Rat77 143.2 237.937377 B D B D D D D B B B B B B B B D D B B D B B B D D B D B B B B B B D D D
1 D1Cebrp137s2 144.1 240.000000 B D B D B D D B B B B B D B B D D B B D D D B D D D D B B B B B B D D B
1 D1Cebrp29s6 144.5 241.000000 B D B D B D D B B B B B D B B D D B B D D D B D D D B B B B B B B D D B
1 D1Arb25 147.6 248.372940 B D D D B D D B B B B B D B B D D B B D D B B D B D B B B B B B B D D B
1 D1Utr51 147.9 249.000000 B D D D B D D B B B B B D B B D D B B D D D B D B D B B B B B B B D D B
1 D1Utr71 148.1 249.500000 B D D D B D D B B B B B D D B D D B B D D D B D B D B B B B B B B D D B
1 D1Rat81 148.3 250.019667 D D D D B D D B B B B B D D B B D B B D D D B D B D B B B B B B B D D B
1 D1Rat225 153.0 261.180161 D D D D B D D B B B D D D D B B D B B D D D B D B D D D D B B D B D D B
1 Adrb1 153.5 263.025655 D D D D B D D B B B D D D D B B D B B D D B B D B D D D D B B D B D D B
1 D1Utr81 154.6 265.000000 D D D D B D D D B B D D D D B B D B B D D B B D B D D D D B B D B D D B
1 D1Mit14 155.0 266.002836 D D D D B D D D D B D D D D B B D B B D D B B D B D D D D B B D B D D B
2 D2Rat189 0.0 15.761667 B B D B D D D B D D D B B D B B B B B D D B B B B D D D D B B D D D B D
2 D2Rat124 2.4 25.000000 B B B B D D D B D D D B B D D B B B B D D B B B B D D D D B B B D D B D
2 D2Rat11 13.6 34.471644 D D B D D D D D D D D B B B D B D B B D B D B B B D D D B B B B D D B D
2 D2Rat201 18.2 49.619880 B D B B D D D D D D D B D B B B D B D D B D B B B D D D B B B B D D B D
2 D2Rat320 20.6 62.258026 B D B B D B D D D D D B D B B B D D D D B D B B B D D D B B D B D D B D
2 D2Mit6 24.1 70.000000 B D B B B B D D B D D B D B B B D D D D B D B B D D D D B B D B B D B D
2 D2Rat95 26.5 83.348259 B D B B B D D D B D D B D B B B D D D D B D B B D D D B B D D B B D B D
2 D2Rat24 29.0 100.673233 B D B B B D B D B B D B D B B B D D D D B D B B B D D B B D D B B D B D
2 Cpb1 31.4 105.413336 B B B D B D B D D B D B D B B B D D D D B D B B B D D B B D D B B D B D
2 D2Mit18 32.1 108.159614 B B B D B D B D D B D B D B B B D B D D B D B B B D D B B D D B B D B D
2 D2CebrP1104s1 36.7 115.000000 B B B B B D D D B B B B D B B B D D D D B D B B B D D B B D D B B D B D
2 D2Utr81 41.3 118.000000 B B B B B B D D B D D B D B B B D D D D B D B B D D D B B B D B B D B D
2 D2Utr11 42.0 119.000000 B B B B D B D D B D D B D B B B D D D D B D B B D D D D B B D B B D B D
2 D2Ucsf2 43.0 120.000000 B B B B D B D D D D D D D B B B D D D D B D B B D D D D B B D B B D B D
2 D2Utr101 44.0 120.500000 B B B B D B D D D D D D D B B B D D D D B D B B B D D D B B D B B D B D
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2 D2Rat152 66.8 159.295583 D B B D B B B D D D D D D B D B D D B D B B B B B B D B B D B D D D D D
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10 D10Rat95 0.0 6.381018 D B D D D D B D D D B B D D D B B D D B B D B D D D B B B B B B B D D B
10 D10Rat218 1.5 9.092035 D B B D D D B B D D B B D D D B B D D B B D B D D D B B B B B B B D D B
10 D10Utr31 2.3 10.000000 D D B D D D B B D D B B D D D B B D D B B D B D D D B B B B B B B D D B
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14 D14Mit8 24.3 56.384802 B B D B D D D B B D D D B B D D B D D D D B B B B D B D B B D B D D B D
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15 D15Utr31 14.5 43.000000 D B B D D D D B D D B D B B B D D B D B B B D B D B B B D B B B B B B B
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15 D15Rat68 17.5 62.537234 D B D D D B D B D D B D B B D D D B B B B B D B D B B B D B B B B B B B
15 D15Utr21 20.0 68.000000 D B D D D B D B D D B D B D D B D B B B B B D B D B B B D B B B B B B D
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15 D15Rat21 21.4 74.795484 D D D D D B D D D D B D B D D B D B B B B B D B D B B B D B B B B B B D
15 Ednrb 23.9 87.893157 B D D D D B D D D D B D B D D B D B B B B B D B D B B D D B B B B D B D
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