Ви не можете вибрати більше 25 тем Теми мають розпочинатися з літери або цифри, можуть містити дефіси (-) і не повинні перевищувати 35 символів.
 
 
 
 
Nick Rozinsky ad2d51a73d Delete 'writer_flowchart.pdf' 10 місяці тому
contrib/biod Edited makefile, fixed import names 11 місяці тому
src/cbam Edited makefile, fixed import names 11 місяці тому
.gitignore Makefile 11 місяці тому
DEVELOPMENT.org Makefile 11 місяці тому
Documentation.md Add documentation 10 місяці тому
LICENSE.txt LICENSE + README 11 місяці тому
Makefile Makefile changes 10 місяці тому
README.org Plan 11 місяці тому
Writer_flow.pdf Writer flowchart 10 місяці тому
docs.org Test org-babel code execution 10 місяці тому
dub.json init 11 місяці тому
layout.html Fixes 10 місяці тому
structure.pdf Structure of CBAM file 10 місяці тому

README.org

cBAM (column based BAM)

This repo contains the prototype for a column-based cBAM reader/writer which will (hopefully) outperform tools like sambamba. To make this happen the following steps are required:

  • Compile cbam binary with Makefile and no other dependency than BioD

  • Document design of cbam format in /nickr/cBAM/src/branch/master/doc/CBAM.org

  • Create cbam file from bam

  • Implement markdup on cbam

  • Write bam file from cbam

Usage

cbam view -f cbam < in.bam | cbam markdup | cbam view -f bam > markdup.bam

Installation

cBAM depends on

  • D compiler

  • Snappy shared lib

    Debian

apt-get install ldc libphobos2-ldc-shared-dev libsnappy-dev

Development

See /nickr/cBAM/src/branch/master/DEVELOPMENT.org

License

cBAM is published under a GPLv3 license. See /nickr/cBAM/src/branch/master/LICENSE.txt.