Nelze vybrat více než 25 témat Téma musí začínat písmenem nebo číslem, může obsahovat pomlčky („-“) a může být dlouhé až 35 znaků.
 
 
 
 
Nick Rozinsky ad2d51a73d Delete 'writer_flowchart.pdf' před 10 měsíci
contrib/biod Edited makefile, fixed import names před 10 měsíci
src/cbam Edited makefile, fixed import names před 10 měsíci
.gitignore Makefile před 10 měsíci
DEVELOPMENT.org Makefile před 10 měsíci
Documentation.md Add documentation před 10 měsíci
LICENSE.txt LICENSE + README před 10 měsíci
Makefile Makefile changes před 10 měsíci
README.org Plan před 10 měsíci
Writer_flow.pdf Writer flowchart před 10 měsíci
docs.org Test org-babel code execution před 10 měsíci
dub.json init před 10 měsíci
layout.html Fixes před 10 měsíci
structure.pdf Structure of CBAM file před 10 měsíci

README.org

cBAM (column based BAM)

This repo contains the prototype for a column-based cBAM reader/writer which will (hopefully) outperform tools like sambamba. To make this happen the following steps are required:

  • Compile cbam binary with Makefile and no other dependency than BioD

  • Document design of cbam format in /nickr/cBAM/src/branch/master/doc/CBAM.org

  • Create cbam file from bam

  • Implement markdup on cbam

  • Write bam file from cbam

Usage

cbam view -f cbam < in.bam | cbam markdup | cbam view -f bam > markdup.bam

Installation

cBAM depends on

  • D compiler

  • Snappy shared lib

    Debian

apt-get install ldc libphobos2-ldc-shared-dev libsnappy-dev

Development

See /nickr/cBAM/src/branch/master/DEVELOPMENT.org

License

cBAM is published under a GPLv3 license. See /nickr/cBAM/src/branch/master/LICENSE.txt.